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Question

を通じてDNA配列を翻訳する機能を作成する私は、このような

codon = {'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 
    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 
    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 
    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 
    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 
    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 
    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 
    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R', 
    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 
    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A', 
    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 
    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 
    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 
    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L', 
    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'stop', 'TAG':'stop', 
    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'stop', 'TGG':'W'} 

のようなコドン表を持っている私は、私はそのようにファイルを解析するなど

CAAAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCG 
CACTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACT 
AAAGCAGGGGATAATTAAATCAACCAAAATGGAAGCAAAACTGCTCGTGTTATTTTGTGCCTTCACCGCA 
CTGAAAGCTGACACCATTTGTGTGGGCTACCATGCTAACAATTCCACAGACACTGTCGACACAATACTGG 

のような異なる配列を有するFASTAファイルを持っています3つのヌクレオチドはタンパク質を出力している。例えば、CAAは、出力Q. は、これは私があなたがPythonのジェネレータ機能を使用して、カスタムストリームを実装するになっているはずです、これまで

fasta = open('Fasta.txt', 'r') 

def readSeq(fasta): 
    for line in fasta: 
     if line.startswith('>'): 
      continue 
     line = line.strip() 
     print(line) 

readSeq(fasta) 

Answer 1

を持っているものである必要があります。

まず

def readSeq(fasta): 
    for line in fasta: 
    if line.startswith('>'): 
     continue 
    line = line.strip() 
    chunks = [ line[i*3:i*3+3] for i in range(0, int(len(line)/3)) ] 

    yield from chunks 

あなただけの反復処理することができますが、一度に一つの3塩基対のチャンクを得るために、あなたの読み取り配列の機能を変更する必要があります。詳細はこちら

hereは、サンプルコードでありますその結果、ストリーム：

fasta = open('Fasta.txt', 'r') 
stream = readSeq(fasta) 
for seq in stream: 
    print (codon[seq]) 

そして、あなたは、このような出力を取得します：

を

Q K Q G I I K S T K M E K L L V L F C F T H stop