htmlテーブルで4つの文字を見つけて太字にする方法

Question

私はRプログラミング言語を使用しています。 私は大文字のhtmlテーブルで太字の4つの文字（アミノ酸、あなたが好奇心であれば）を見つけて、大胆にしたいと考えています。私はhtmlテーブルのナビゲーションを通じてこれをやりたい通常の文字列に正規表現を使用していた場合は、 "（[KR]。[ST] [ILV]）"となります。これは、例えば、RSSIまたはKATVの文字を見つけるでしょう。残念ながら、私が探している実際の文字列は次のようになります。

<center><table class="sequence-table"><tr><th align="left"> 
<tr> 
<td bgcolor="lightgreen"><tt>R</tt></td> 
<td bgcolor=""><tt>S</tt></td> 
<td bgcolor="pink"><tt>S</tt></td> 
<td bgcolor=""><tt>I</tt></td> 

私が欲しい最終結果はこれです：

<center><table class="sequence-table"><tr><th align="left"> 
<tr> 
<td bgcolor="lightgreen"><tt><b>R</b></tt></td> 
<td bgcolor=""><tt><b>S</b></tt></td> 
<td bgcolor="pink"><tt><b>S</b></tt></td> 
<td bgcolor=""><tt><b>I</b></tt></td> 

私はこれを見つけるためにモンスターサイズの正規表現を書きましたシーケンス（以下に添付）が動作していないようです。そして今、私はhtmlコマンドを使用すべきであることを認識していますが、私は検索と置換の方法を教えてくれるWebサイトを見つけるのに苦労しています。私は何を探していますか？そして/または私は上記のことをどのように達成するでしょうか？

これは私が望むシーケンスを見つけるための私の怪物サイズの正規表現ですが、動作しないようです。私は今、間違った方向からそれに向かっていたことを認識しています。

`regexp <- '(
[\\<<td bgcolor=""><tt>K</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>K</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor=""><tt>R</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>R</tt></td>\\>] 
[\\<<td bgcolor=""><tt>.</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>.</tt></td>\\>] 
[\\<<td bgcolor=""><tt>S</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>S</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor=""><tt>T</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>T</tt></td>\\>] 
[\\<<td bgcolor=""><tt>I</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>I</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor=""><tt>L</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>L</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor=""><tt>V</tt></td>\\> 
\\<<td bgcolor="\\w+"><tt>V</tt></td>\\>])' 
` 

Answer 1

たぶん、正規表現の代わりにこの方法を試してみてください。

library(xml2) 
library(tidyverse) 
txt <- '<center><table class="sequence-table"><tr><th align="left"> 
<tr> 
<td bgcolor="lightgreen"><tt>R</tt></td> 
<td bgcolor=""><tt>S</tt></td> 
<td bgcolor="pink"><tt>S</tt></td> 
<td bgcolor=""><tt>I</tt></td>' 
needles <- c("RSSI", "KMSV") 
doc <- read_html(txt) 
doc %>% 
    xml_find_all("//tr") %>% 
    keep(xml_text(.) %in% gsub("(.)", "\\1\n", needles)) %>% 
    xml_find_all("td/tt/text()") %>% 
    xml_add_parent("b") 
write_html(doc, tf <- tempfile(fileext = ".html")) 
shell.exec(tf) # open temp file on windows 

これは<b>...</b>に、各列のテキストをラップ（一時ファイルに結果が保存されます）。

cat(as.character(doc)) 
# ... 
# <center><table class="sequence-table"> 
# <tr><th align="left"> 
# </th></tr> 
# <tr> 
# <td bgcolor="lightgreen"><tt><b>R</b></tt></td> 
# <td bgcolor=""><tt><b>S</b></tt></td> 
# <td bgcolor="pink"><tt><b>S</b></tt></td> 
# <td bgcolor=""><tt><b>I</b></tt></td> 
# ...