GML（グラフモデリング言語）形式のファイルを開く際の問題

Question

GML形式のファイルを開こうとしていますが、機能しませんでした。基本的には、ChemTraYzerというコードを使用して、GMLに関連するいくつかのファイル、つまり.gmlファイルといくつかの必要な画像を含むフォルダを生成します。

graph [ 
    hierarchic 1 
    label "" 
    directed 1 
    node [ 
      id "C" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_0.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "[CH3]" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_2.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "O" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_1.png" 
      ] 
    ] 
    node [ 
      id "[OH]" 
      graphics 
      [ 
        image "reac.pic/spec_5.png" 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "C" 
      target "[CH3]" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "C" 
      target "O" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "[OH]" 
      target "[CH3]" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 
    edge [ 
      source "[OH]" 
      target "O" 
      weight 1 
      LabelGraphics 
      [ 
        text "[0]" 
        fontSize 32 
      ] 
    ] 

]

そして、このGMLファイルに関連するいくつかの画像を含むフォルダと呼ばれるreac.pic：ここ.gmlファイルです。

次のような絵をエクスポートすることが期待されます。

私はGephiのようなNetworkxやJavaプログラムのようないくつかのPythonパッケージは、必要に応じて、GMLファイルを開くことができる可能性があります知っています。しかし、私は何度も試しましたが、成功することはできませんでした。もし誰かが私を助けてくれれば、とても感謝しています。どうもありがとう！

Answer 1

投稿したグラフにレイアウトがありません。必要なのは、あなたが投稿した図形に変換するための追加ソフトウェアです。元のChemTraYzerの出版物（doi：10.1021/acs.jctc.5b00201）に記載されているように、yEdソフトウェアはかなり良い仕事をしています（https://www.yworks.com/products/yed）。私は、レイアウトを行うためにいくつかのPythonライブラリを使用しようとしましたが、実際には見栄えの良いグラフレイアウトを自動的に得るのは難しいです。したがって、私はyEdの自動レイアウトアルゴリズム（ここでは階層的）を使用しており、ノードとエッジを手動で再配置しています。

Answer 2

グラフが階層的で、Gephiが階層グラフのサポートを取りやめました。hereを参照してください。それ以外にも、私はGephi GMLインポーターがリンクされた画像を読むことができるだろうとは思っていません。 pluginを使用することで回避策がありますが、Gephi 0.8.2でのみ動作します。