平均およびランクに基づく群の有意性試験

Question

前臨床薬理では、多くの治療群を統計的有意性のために1つ以上の対照群と比較する。

Dunnett、Duncan、Schefee、Tukey、Benferonni、Dunn-Sidak Newman-Keuls、t-testなどの統計検定は、データが正規分布から来たものか、Kruskal-Wallis、データが正常でない場合、Whitneyはデータをランク付けします。

Rパッケージでこれらのテストの多くを実行する関数を見つけるのが難しいです。理想的には、テスト統計、比較されたグループが互いに著しく異なるかどうかを示すp値などの標準出力を与えることが理想的です。

Rにはmultcompというパッケージがありますが、上記のパラメトリックテストの多くは含まれていないようです。誰も、これらの種類の統計テストを実行するRの関数を見つける方法を教えていただけますか？

Answer 1

パッケージstatsを見ましたか？たとえば、それはあなたが望んでいるt-testと、さまざまなTukeyメソッドを持っています。さらに、DTKパッケージがあります。これにより、「DunnettのTukey-Kramerテストを実施できます」ということができます。 Scheffe testはagricolaeパッケージ、Duncan testはlaercioパッケージ、Bonferonni testはalr3パッケージにあります。

Newman-Keulsを使用しない場合があります。

Answer 2

基本テスト（t-test、Kruskal-Wallis、Mann-Whitney）と複数の比較を調整する方法の用語を組み合わせているようです（Dunnett、Duncan、Scheffe、Tukey、Bonferonni、Dunn-Sidakニューマン・クールズ）。ベースRには、いくつかの調整方法を提供するp.adjust関数があります。 multcompパッケージについては言及しましたが、mutossパッケージについては言及していません。 DuncanとScheffeの調整方法はパッケージagricolaeです。 coinパッケージに実装されたランクおよび置換テストには、複数の比較手順があります。これらの情報はすべて、Rに組み込まれた検索ツールですぐに利用でき、sosパッケージで提供されています。私たちの集合的な医薬品開発の安全性のために、あなたが上に示したよりも大きな知識を持っている人に報告してくれることを願っています。

Answer 3

】増幅ベンの答えは、statsパッケージには、多くの古典的な有意性検定を提供しています。

grep(ls("package:stats"), pattern="test", value=T) 
# [1] "ansari.test"   "bartlett.test"  "binom.test"   
# [4] "Box.test"    "chisq.test"   "cor.test"    
# [7] "fisher.test"   "fligner.test"   "friedman.test"  
# [10] "kruskal.test"   "ks.test"    "mantelhaen.test"  
# [13] "mauchley.test"  "mauchly.test"   "mcnemar.test"   
# [16] "mood.test"   "oneway.test"   "pairwise.prop.test" 
# [19] "pairwise.t.test"  "pairwise.wilcox.test" "poisson.test"   
# [22] "power.anova.test"  "power.prop.test"  "power.t.test"   
# [25] "PP.test"    "prop.test"   "prop.trend.test"  
# [28] "quade.test"   "shapiro.test"   "t.test"    
# [31] "var.test"    "wilcox.test"   

さらに、multcompはあなたが言及していることのいくつかを含む、複数の比較の下で重要性を調整するための方法の多くをサポートしています。どれ、タイプを参照するには、次の

library(multcomp) 
?contrMat 

args(contrMat) # (Just to show them here) 
# function (n, type = c("Dunnett", "Tukey", "Sequen", "AVE", "Changepoint", 
#  "Williams", "Marcus", "McDermott", "UmbrellaWilliams", "GrandMean"), 
#  base = 1) 

をまたCRANサイトの「臨床試験デザイン、モニタリング、および分析」タスクビューに興味があるかもしれません。それを見つけるには、hereに行き、左側のサイドバーの "タスクビュー"をクリックしてください。

編集：最後の1つのノート--- Mann-Whitneyテストが必要な場合、その半隠れています。 ?wilcox.testで探してください。