h5pyが別のHDF5モジュールと併用するとデッドロックが発生する

Question

pthreadsとHDF5を使用するPythonのC++モジュールを作成しています。私のモジュールはH5F_ACC_EXCLモードでHDF5ファイルを作成し、ファイルがすでに存在するときに失敗するようにします。この場合、HDF5はスタックトレースを出力します。 このモジュールのためのpython Cインタフェース関数は1つのスレッドで実行され、ファイルの作成は別のスレッドで行われます。 通常、すべて正常に動作しますが、私のモジュールを使用してスクリプトでh5pyをインポートすると、システムはデッドロック状態になります。ファイルを作成しようとするスレッドは、以下のバックトレースがあります

#0 sem_wait() at ../nptl/sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/sem_wait.S:86 
#1 0x00000000004aed31 in PyThread_acquire_lock() 
#2 0x0000000000495c74 in PyEval_RestoreThread() 
#3 0x00000000004fd83a in PyGILState_Ensure() 
#4 0x00007ffff02ca907 in __pyx_f_4h5py_3h5e_err_callback (__pyx_v_client_data=0xc5c470) at h5py/h5e.c:2045 
#5 0x00007ffff5be1d62 in H5E_dump_api_stack() from /usr/lib/libhdf5.so.6 
#6 0x00007ffff5be6a98 in H5Fcreate() from /usr/lib/libhdf5.so.6 
#7 0x00007fffecb0cc46 in HDF5WriterBase::openFile (this=0x7fffe47efd68) at HDF5WriterBase.cpp:143 

[ライン＃7は私のモジュール内の関数についての通知] 私はPyTablesをインポートすると、この問題が発生しないことがわかりました。この問題を解決するための助けがあれば幸いです。

Answer 1

これは関連していないかもしれませんが、h5pyとlibjhdf5（Javaコードはjpypeを使用して呼び出されていました）を使用しようとすると、いくつかの奇妙な問題が発生しました。 https://bugs.launchpad.net/openquake/+bug/882637

これは直接役立たないかもしれませんが、この特定のバグは特定のバージョンのlibhdf5を使用して再現可能であったことを指摘します。 Ubuntu 11.04では、デフォルトのh5py、libjhdf、およびlibhdfパッケージを使用してこの問題が発生しました。私の同僚の一人は、別のディストリビューション（そして別のパッケージ）を使用していましたが、この問題はありませんでした。

短いストーリー、どのOS、バージョン、パッケージを使用していますか？パッケージにバグがある可能性があります。エラーを再現するコードサンプルも役立ちます。