2016-05-24 18 views
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"ROC"をメジャーとして使用し、rfe関数(caretパッケージ)を使用してSVM-RFEモデルを計算しています。私の知る限り、rfeアルゴリズムは、pROCパッケージのroc関数を使用して事前定義された引数を使用してAUC値を最適化します。しかし、の代わりにdirection引数を"<"に設定したい場合があります。結果の平均AUCが逆に計算される(私のデータはあまり良くありません...)ためです。この問題は、ここでの答えで説明されています:Difference in average AUC computation using ROCR and pROC (R) 計算でroc関数のこのデフォルト引数値を変更するにはどうすればよいですか?RFEプロセス(キャレット)でROC計算(pROC)のデフォルト引数を変更する - R

私はこの単純なオプションを試してみましたが、それは動作しません:

svmRFE_NG3 <- rfe(x = TAll[,2:50], 
       y = TAll[,1], 
       sizes = seq(1,42), 
       metric = "ROC", 
       levels = c("BREAST","LUNG"), 
       direction = "<", 
       rfeControl = FSctrl, 
       ## Options to train() 
       method = "svmLinear", 
       tuneLength = 10, 
       preProc = c("center", "scale"), 
       ## Inner resampling process 
       trControl = TRctrl) 

答えて

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私はキャレットのソースコードを見ていたし、現時点で容易に可能ではないようです。引数はroc関数の呼び出しに渡されません。

改善のリクエストをthe github repository of the packageに送信することをお勧めします。メンテナンス担当者のMax Khnはかなり反応があり、将来のバージョンでこれが実装されているのを見るチャンスがあります。

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私はこのタイプのコメントを避けるべきであることを知っていますが、私はRで新しく、このような種類の問題に対処するのが難しいので、@カリモに感謝する必要があります。 –

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