"ROC"
をメジャーとして使用し、rfe
関数(caret
パッケージ)を使用してSVM-RFEモデルを計算しています。私の知る限り、rfe
アルゴリズムは、pROC
パッケージのroc
関数を使用して事前定義された引数を使用してAUC値を最適化します。しかし、の代わりにdirection
引数を"<"
に設定したい場合があります。結果の平均AUCが逆に計算される(私のデータはあまり良くありません...)ためです。この問題は、ここでの答えで説明されています:Difference in average AUC computation using ROCR and pROC (R) 計算でroc
関数のこのデフォルト引数値を変更するにはどうすればよいですか?RFEプロセス(キャレット)でROC計算(pROC)のデフォルト引数を変更する - R
私はこの単純なオプションを試してみましたが、それは動作しません:
svmRFE_NG3 <- rfe(x = TAll[,2:50],
y = TAll[,1],
sizes = seq(1,42),
metric = "ROC",
levels = c("BREAST","LUNG"),
direction = "<",
rfeControl = FSctrl,
## Options to train()
method = "svmLinear",
tuneLength = 10,
preProc = c("center", "scale"),
## Inner resampling process
trControl = TRctrl)
私はこのタイプのコメントを避けるべきであることを知っていますが、私はRで新しく、このような種類の問題に対処するのが難しいので、@カリモに感謝する必要があります。 –