venanライブラリを使用してmstをプロットする遺伝的距離範囲を選択する方法

Question

私はapeとveganを使用して遺伝的距離分析を実行しようとしました。まず第一に、私は計算の遺伝距離使用して猿：

data<-read.dna(file = "proof.txt", format = 'fasta') 
D <- dist.dna(data, model ='TN93', as.matrix ='TRUE') 

このコードは私に多くの場合d = 0巨大な行列を与えます。その後、次のように私は、MSTを実行します。

mst <-spantree(distances, toolong = 0.015) 

私は0.015

=最大parwise距離を選択するtoolongを選んだ。しかし、私はそれをプロットしようとしたとき、このエラーがapeared：

をファン8Dに

誤差、Y）：オブジェクト1と

2との間のゼロまたは負の距離は、誰が」よりも大きい距離を選択する方法を知っています0 "以上> 0.015？

Answer 1

スパニングツリーをプロットする設定を指定します。

エラーメッセージは、指定されていない場合にポイントの構成を見つけるために使用される関数MASS::sammon()から来ており、その関数はゼロ距離を受け入れません。たとえば、次のように動作します。

plot(mst, ord = cmdscale(as.dist(dist.dna)))