Blast Pythonスクリプトの2つの配列

Question

私はタンパク質のペアのリストを持っており、「BLAST Two Sequences」の速度と精度をSmith-Watermanプログラムと比較して整列させたいと考えています。 NCBIのウェブサイトに "Blast Two Sequences"オプションがありますが、私はPythonスクリプトからそれを実行したいと思います。おそらくBiopythonにはこの機能がありますか？ Blast Two Sequenceを使用できない場合は、Smith-Watermanのさまざまなバージョンを比較しますが、これはあまりエキサイティングではありません:) または、バイオインフォマティクスの優れたタンパク質、私に知らせてくださいことを躊躇しないでください！事前にありがとうございます。

Answer 1

Chapter 7 (BLAST)のBiopythonチュートリアルとクックブックは、あなたが探しているものを持っているはずです。

NCBBIモジュールは、オンラインBLASTツールとの対話を可能にし、Bio.Blast.Applicationsにはさまざまなローカルアライメントユーティリティがあり、Bio.Seqモジュールには異なるシーケンスとやり取りするオブジェクトが含まれています。

Biopythonのdocumentationは非常に良好であり、APIは一般的によく書かれています。興味深いプロジェクトをお探しの場合は、Tutorial and Cookbookを読むことをお勧めします。これは、Biopythonが提供していることの概要です。