phyloseq

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Phyloseqによって生成されたスタックバー

私はこの「R」パッケージを「phyloseq」と呼んでバイオインフォマティクスデータを分析しています。 otumat = matrix(sample(1:100, 100, replace = TRUE), nrow = 10, ncol = 10) otumat rownames(otumat) <- paste0("OTU", 1:nrow(otumat)) colnames(otum

r ggplot2 phyloseq 2016-04-25

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r - phyloseq - 種以外の分類群（家族、秩序など）

私はphyloseqのチュートリアルを見直しましたが、特定の分類群のストレスレベルを決定し、種より）、例えば家族や他の分類。これはデフォルトのGlobalPatternsデータは を設定し使用して家族の分類群のみ GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"] GPotu <- otu_table(GP) GPsd <- sample_data(GP) GPpt

r phylogeny phyloseq 2017-09-15

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各行の最大カラム

私は初心者ですので、サンプルデータフレームを作成することはできません。そのためにお詫び申し上げます。しかし、私は細菌の地域分析を行っており、各列の種と各行の各サンプルを持つ表があります。各列は各種の識別子です。データフレーム内には、各サンプルの種が豊富にあります。私の目標は、各サンプル（行）の最も豊富な種（カラム）を特定することです。私は、最も豊富な種の列識別子を持つサンプル（行）を持つデータフレ

r dataframe phyloseq 2017-11-17

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