r - phyloseq - 種以外の分類群（家族、秩序など）

Question

私はphyloseqのチュートリアルを見直しましたが、特定の分類群のストレスレベルを決定し、種より）、例えば家族や他の分類。これはデフォルトのGlobalPatternsデータは

を設定し使用して家族の分類群のみ

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"] 

GPotu <- otu_table(GP) 

GPsd <- sample_data(GP) 

GPpt <- phy_tree(GP) 

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt) 

を分離しようとする試みがある

library("phyloseq") 

data(GlobalPatterns) 

GP <- GlobalPatterns 

：

私のポイントを説明するためには、ここでは、次のRコードです

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100) 

GP1$stress 

# [1] 0.1612348 

改訂されたGlobalPatternsデータセットをファミリーを唯一の分類群として使用する

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100) 

GP2$stress 

# [1] 0.1612348 

phyloseqを使用して種以外の分類群を整理するにはどうすればよいですか？

私はビーガンでこれを行う方法を知っていますが、私はphyloseqソリューションが必要です。

ありがとうございます。

Answer 1

tax_table()アクセサーメソッドへの呼び出しでは、あなたが投稿に示唆したようにサブセット化または集約されませんでした。それは単にタクソノミーテーブルだけを返すだけで、共通の行列括弧表記の"Family"列にサブセットされていました。

あなたが探しているのは、最初に凝集を行うtax_glomです。

library("phyloseq") 
data(GlobalPatterns) 
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family") 

そして今、按手

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray") 
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")