lsf

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はbqueuesマニュアルページによると： $ bqueues -r lotus | egrep '(STARTED|gholl)' USER/GROUP SHARES PRIORITY STARTED RESERVED CPU_TIME RUN_TIME ADJUST gholl 10 0.006 369 0 2334366.5 723589 0.000 をしかし、私はbjob

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LSF順ファイル名ジョブの提出

私はクラスター上でジョブを提出する初心者です。私はRを使用してコードを作成し、私の目的は一連のファイル名を実行することです。例えばと言う。 main1.R、main2.Rなど約100までです。これらのRスクリプトはすべて独立したスクリプトであり、入力引数はありません。代わりに bsub - W 24:00 -n 48 "R --vanilla --slave < main1.R" としてこれら

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コマンド置換の問題（変数が空です）

シェルスクリプトでコマンド置換に問題があります。私は前にこのスクリプトを別のシステムで使っていたので、ここで何が起こっているのか分かりません。どのように変数を設定するためのコマンドを囲んでいるかのように思えますが、空の変数があります。私はそれらを囲むためにさまざまな方法を試みました（$()、backticks、quotes）。役立つなら、私は配列ジョブを提出しようとしています。 #!/bin/ba

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lsb.queues内のキュー内の最大ジョブを定義する

定義したキューが保持できるジョブの数を調べようとしています。特定のキューに送信できるジョブの最大数を保持するパラメータはどれですか。

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snakemake LSFの問題

パイプライン用の素敵なツールをありがとう！私は、コマンドライン（snakemake -l --snakefile snakemake_example/sankefile_test9.txt）でうまく動作するパイプラインを持っています。私はクラスター上でそれを使用できるようにしたいと思います。パイプラインは（configファイルで指定された）サンプルを取り、いくつかの処理ステップを実行します -

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bsubの後処理スクリプト

私は、すべてのテスト実行の最後に結果をコンパイルするにはどうすればよい while read p; do cd $(echo $p | tr -d '\r') echo Submitting test: $p bsub -P <project> -Jd <job desc> -o lsf.log "sh ./run_test.sh &> $log" cd -

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LSF - BSUBジョブが終了した場合にスクリプトを実行する

LSFで作業していて、bsubコマンドを実行しています。 post-execスクリプトを実行するために-Epスイッチを実装しています。ジョブが強制終了されたり、メモリ制限、実行制限などが発生するまで、これは素晴らしい動作をします。リソースが不足していることを検出してスクリプトを実行する方法はありますか？スクリプトが強制終了された場合でも強制的にスクリプトを実行させることができますか？私の他の選

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bsubでLSFにサブミットされたコマンドのPID

コマンドがbsubとともにサブミットされると、resコマンドでプロセスが開始されます。順番に resは、私がは、私は、このコマンドを提出した、のは言わせ、この実際のコマンドのPIDを知りたい他のプロセスとして実際のコマンドを開始します。 bhist -l jobidで、我々はあなたが名人を呼び出すスクリプトを実行すると、スクリプトから名手のPIDをキャプチャすることができるはずresのPIDを