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RStudioの復帰ボタンがGitリセットのように振る舞うようです。
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LibGit2Sharp Branchを指定せずにファイルを戻すCheckoutPaths()
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Git:コミットせずにワークスペース(コンピュータ)を切り替える
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Gitで削除したフォルダを正しく復元すると、ファイルは現在のブランチで終了しますか?
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git checkout masterがブランチを切り替えられない - リポジトリが壊れていますか?
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gitクローン、 "ファイルのチェックアウト"フェーズスキップ
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シンボリックリンクを使った作業ディレクトリへのチェックアウト
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Visual Studio 2015 Gitコミットされていない変更があるため、プル/切り替えできません