オプションのパラメータPython？私は、コマンドラインパラメータextractGenes.py</p> <p>と呼ばれるプログラムを作成する必要が

Question

は、2つのまたは3つのパラメータを取る必要がある：

1. -s、ユーザがwwantsことを示す、オプションのパラメータ、またはスイッチであります（イントロンを除去した）。ユーザーは、彼がそれを提供しない、それは（遺伝子との）最初のパラメータ

2. 入力ファイル

3. 出力ファイルでなければなりません。この（彼は、全遺伝子配列を望んでいるという意味）を提供する必要がありますが、それはありません（プログラムはFASTAファイル

を保存するために作成する場所のファイルは、このような行が含まれます。

NM_001003443 chr11 + 5925152 592608098 2 5925152,5925652, 5925404,5926898, 

をしかし、私はないです開始関数に-sオプションのパラメータを含める方法を確認してください。

だから私は使用を開始：

getGenes(-s, input, output): 
fp = open(input, 'r') 
wp = open(output, "w") 

が、-sを含める方法についての不明な点です。

Answer 1

この場合は直接sys.argvを使用するのに十分に簡単です。また

import sys 

spliced = False 
if '-s' in sys.argv: 
    spliced = True 
    sys.argv.remove('-s') 
infile, outfile = sys.argv[1:] 

、あなたはまた、コマンドラインパーサを生成するargparseとoptparseような、より強力なツールを使用することができます。

import argparse 

parser = argparse.ArgumentParser(description='Tool for extracting genes') 
parser.add_argument('infile', help='source file with the genes') 
parser.add_argument('outfile', help='outfile file in a FASTA format') 
parser.add_argument('-s', '--spliced', action='store_true', help='remove introns') 

if __name__ == '__main__': 
    result = parser.parse_args('-s myin myout'.split()) 
    print vars(result) 

Answer 2

Argparseは、あなたのためのオプションのパレメーターを世話するpythonライブラリです。 http://docs.python.org/library/argparse.html#module-argparse

Answer 3

はこのような何か試してください：あなたの入力2つのパラメータ場合は、sがFalseになります

def getGenes(input, output, s=False): 
    if s: 
     ... 
    else: 
     ... 

を。 getGenes（入力、出力）

3つのパラメータでgetGenes（）を呼び出すと、sが3番目のパラメータになります。この場合、False以外の値で呼び出すとelse節が生成されます。