はR

Question

にインデックスを行にdata.frameの最初の列を変換する私はdata.frameを持っている：

 target_id sample1 sample10 sample100 sample101 sample102 sample103 
1: ENST00000000233  9  0 3499.51   0   0   0 
2: ENST00000000412  0  0  0.00   0   0   0 
3: ENST00000000442  0  0  0.00   0   0   0 
4: ENST00000001008  0  0  0.00   0   0   0 
5: ENST00000001146  0  0  0.00   0   0   0 
6: ENST00000002125  0  0  0.00   0   0   0 

私は$のTARGET_IDが行名になります別のdata.frame、に変換したいと思います。

   sample1 sample10 sample100 sample101 sample102 sample103 
ENST00000000233  9  0 3499.51   0   0   0 
ENST00000000412  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000000442  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000001008  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000001146  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000002125  0  0  0.00   0   0   0 

それはRで、このようなdata.frameを作成することは可能です：（ENST00000000233たとえば）具体的には、私はそれらの遺伝子実体にアクセスすることができ、その後の数値データ（サンプルの列）でクラスタリングを実行したいですか？

ありがとうございました！

Answer 1

まず、あなたのデータの例。

mydf <- 
structure(list(target_id = c("ENST00000000233", "ENST00000000412", 
"ENST00000000442", "ENST00000001008", "ENST00000001146", "ENST00000002125" 
), sample1 = c(9L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), sample10 = c(0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L), sample100 = c(3499.51, 0, 0, 0, 0, 0), sample101 = c(0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), sample102 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), sample103 = c(0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("target_id", "sample1", "sample10", 
"sample100", "sample101", "sample102", "sample103"), class = "data.frame", row.names = c("1:", 
"2:", "3:", "4:", "5:", "6:")) 

コードが追加されました。

result <- mydf[-1] 
row.names(result) <- mydf$target_id 
result 
       sample1 sample10 sample100 sample101 sample102 sample103 
ENST00000000233  9  0 3499.51   0   0   0 
ENST00000000412  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000000442  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000001008  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000001146  0  0  0.00   0   0   0 
ENST00000002125  0  0  0.00   0   0   0 

シンプルではありませんか？

Answer 2

それは新しい変数を定義することなく達成することができます：ここで

df <- data.frame(df[,-1], row.names = df[,1]) 


#     sample1 sample10 sample100 sample101 sample102 sample103 
# ENST00000000233  9  0 3499.51   0   0   0 
# ENST00000000412  0  0  0.00   0   0   0 
# ENST00000000442  0  0  0.00   0   0   0 
# ENST00000001008  0  0  0.00   0   0   0 
# ENST00000001146  0  0  0.00   0   0   0 
# ENST00000002125  0  0  0.00   0   0   0 

Answer 3

はオプションがtidyverse

library(tidyverse) 
df1 %>% 
    remove_rownames() %>% 
    column_to_rownames(var = 'target_id') 
#    sample1 sample10 sample100 sample101 sample102 sample103 
#ENST00000000233  9  0 3499.51   0   0   0 
#ENST00000000412  0  0  0.00   0   0   0 
#ENST00000000442  0  0  0.00   0   0   0 
#ENST00000001008  0  0  0.00   0   0   0 
#ENST00000001146  0  0  0.00   0   0   0 
#ENST00000002125  0  0  0.00   0   0   0