はR

2017-04-06 22 views
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にsurvminerパッケージ(ggsurvplot)を使用して、検閲イベントの形状を変更し、私はかなりよく作業している、Rにおけるカプラン・マイヤーカーブを作成するために、survminerパッケージを使用しています:はR

plotUICC=survfit(Surv(as.numeric(myData$eventtime),event=myData$eventtype)~myData$UICC, data = myData) 

ggsurvplot(plotUICC,data=myData, risk.table = FALSE,pval = TRUE,conf.int = FALSE,legend.labs = c("UICC I", "UICC II"),legend = c(0.25, 0.26),legend.title = "",xlab = "Time in Months")) 

Kaplan Meier Curve created with the Cod above

私は打ち切りイベントとして "+"を変更し、単純な "|"代わりに。残念ながら、どちらのヘルプ(ggsurvplot)もgoogleも私を助けませんでした。


これらがロードpackegesある:一つは例えば検閲の形状を変更したい、理想的

library(survminer) 
library(survival) 
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung) 
p1 <- ggsurvplot(fit, data = lung) 

other attached packages: 
[1] ggthemes_3.4.0 survminer_0.3.1 ggpubr_0.1.2 ggplot2_2.2.1 survival_2.40-1 
[6] readxl_0.1.1 gridExtra_2.2.1 
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はあなたが展開することができます:この提案は今マージされました、ggsurvplotのdevelopment versionは今censor.shapeとcensor.size引数を受け付けあなたの質問は、最小の動作例を提供することによって(http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example)? – CMichael

答えて

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最小の実施例は、以下でありますそうですね:

p2 <- ggsurvplot(fit, data = lung, censor.shape=124) 

私は元の生存者パッケージでこれを行う方法がありませんでした。以下のプロットが生成されるようにsurvminerのforkでは、私は、この動作を実装している:

enter image description here

censor.shapeの許容値は、ここで見つけることができます: http://sape.inf.usi.ch/quick-reference/ggplot2/shape

私は持っていませんこれを完全にテストしましたが、この拡張はすでに私にとって非常に便利です。 「+」検閲官は...いくつかの時間のために私を気にしている

編集:

ggsurvplot(fit, data = lung, censor.shape="|", censor.size = 4)