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単変量のリプリーズのKポイントパターン分析の結果に矛盾があるようです(図1)。まず、1x1の一点グリッドを生成して、Rスクリプトが論理的な結果を出すかどうかを確認しました(図2)。研究領域は20x40です(図2)。完全に均一なデータが与えられていれば、任意の探索距離(r)でランダムまたはクラスタリングされたポイントパターンを見ることは期待できません。添付されたスクリプトを使用してこれらの結果を生成しました。これらの制御された条件のもとで、均一なポイントパターンだけが必要なときに、クラスタリングとCSRが表示されるのはなぜですか?均一な空間データでCSRとクラスタリングを考慮する方法は?
require(spatstat)
require(maptools)
require(splancs)
# Local Variables
flower = 0
year = 2013
# Read the shapefile
sdata = readShapePoints("C:/temp/sample_final.shp") #Read the shapefile
data = sdata[sdata$flow_new == flower,] # subset only flowering plants
data2 = data[data$year == year,] # subset flowering plants at year X
data.frame(data2) # Check the data
# Get the ripras estimate of area based on the study area measurements
gapdata = readShapePoints("C:/temp/study_area_boundary.shp") #Read the shapefile
whole = coordinates(gapdata) # get just the coords, excluding other data
win = convexhull.xy(whole) # Ripras will determine a good bounding polygon for the points (usually a variant of Convex Hull)
plot(win)
# Converting to PPP
points = coordinates(data2) # get just the coords, excluding other data
ppp = as.ppp(points, win) # Convert the points into the spatstat format
data.check = data.frame(ppp) # Check the format of the ppp data
summary(ppp) # General info about the created ppp object
plot(ppp) # Visually check the points and bounding area
# Now run the ppa
L.Env.ppp = envelope(ppp, Lest, nsim = 1000, correction = "best", rank =1)
plot(L.Env.ppp, main = "Uniform Test")
abline(v=(seq(1:12)), lty="dotted")
図1
分析の結果
図2
均一点と窓
これらのポイントは定期的に分散されています(過分散されたものもあります)。植木鉢のような意味では統一されていますが、それらの根底にあるポイントプロセスは一様ではありません。そうであれば、ポイントペアが1単位未満離れている可能性があります。リプリーズのKは、その均一性からの短距離逸脱に注意を引くように設計されているように正確に機能しています。 (ちなみに、あなたの井戸が建設され、質問された場合+1)。 –
素晴らしい、洞察力のある情報のおかげで@ジョシュ! – Borealis
ああ良い。喜んで助けた。 –