igraphを使用する：decompose.graph（）によって構築されたコンポーネントのコミュニティメンバシップ

Question

decompose.graph、コミュニティ検出機能igraphおよびlapplyを使用していただきありがとうございます。

私は頂点属性 "label"とエッジ属性 "weight"を持つigraphオブジェクトGを持っています。私は、igraphとは異なる機能を使ってコミュニティメンバーシップを計算したいと思います。簡略化のため、walktrap.communityとしましょう。

このグラフが接続されていない、それは私が

G.

接続されたコンポーネントに にそれを分解し、各コンポーネントに walktrap.communityを実行し、その後元のグラフに、コミュニティメンバーシップの頂点属性を追加することを決めた理由は、私がやっています現在は次のようになっています

comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2) 
communities <- lapply(comps,walktrap.community) 

私が理解できない構造でリストオブジェクトを取得するので、この時点で私は立ち往生します。 decompose.graphのドキュメントはリストオブジェクトを返すことを伝えています。結果にlapplyを使用すると、私は完全に混乱します。さらに、コミュニティには各コンポーネントの0から番号が付けられており、weightsパラメータをwalktrap.community関数にどのように供給するのか分かりません。

それは部品がなければ、私は次のように行われているでしょう：

wt <- walktrap.community(G, modularity=TRUE, weights=E(G)$weight) 
wmemb <- community.to.membership(G, wt$merges,steps=which.max(wt$modularity)-1) 
V(G)$"walktrap" <- wmemb$membership 

は、誰も私がこの問題を解決してくださいもらえますか？または、いくつかの 情報/リンクを提供できますか？

Answer 1

あなたはループを使用することができます

library(igraph) 
set.seed(2) 
G <- erdos.renyi.game(100, 1/50) 
comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2) 
length(comps) # 2 components, in this example 
for(i in seq_along(comps)) { # For each subgraph comps[[i]] 
    wt <- walktrap.community(comps[[i]], modularity=TRUE, weights=E(comps[[i]])$weight) 
    wmemb <- community.to.membership(comps[[i]], wt$merges,steps=which.max(wt$modularity)-1) 
    V(comps[[i]])$"walktrap" <- wmemb$membership 
} 

lapplyとmapplyでそれを行うことが可能であるが、それは読みにくくています。

comps <- decompose.graph(G,min.vertices=2) 
wt <- lapply(comps, function(u) 
    walktrap.community(u, modularity=TRUE, weights=E(u)$weight) 
) 
wmemb <- mapply( 
    function(u,v) community.to.membership(u, v$merges,steps=which.max(v$modularity)-1), 
    comps, wt, 
    SIMPLIFY=FALSE 
) 
comps <- mapply( 
    function(u,v) { V(u)$"walktrap" <- v$membership; u }, 
    comps, wmemb, 
    SIMPLIFY=FALSE 
)