Octaveでhdfデータを読む方法

Question

私はリモートセンシングでプロジェクトを行っています。 MATLABでのHDFの操作は非常に簡単です。しかし、私はグリッドコンピューティング（Ubuntu）でこれを実装したい。だから私はオクターブで試しています。私はクロロフィルのHDF4ファイルを持っています。通常の画像処理はオクターブ単位で簡単に行えます。しかし、私はOctaveのhdfread、hdftoolについて知りたい。私はオクターブのイメージの中にイメージパッケージを追加しました。誰も私にどのように読んで、どのようにhdfデータで作業するか教えてもらえますか？追加するパッケージはありますか？私にこれを知らせてください。

HDFデータ

をロードする方法HDFデータから画像を取得する方法をどのようにHDFデータを読み取るために

Answer 1

HDF5の場合、Octaveは追加パッケージなしでロードできます。

HDF4の場合、h4tonccfまたはOPeNDDAP hdf4_handlerを使用してNetCDFファイルに変換し、Octaveのoctcdfパッケージを通じてNetCDFコール経由でロードできます。ここでは、完全なオクターブのソースコードとの完全な例を提供します。

http://hdfeos.org/software/octave.php

以下はOPeNDAP経由オクターブで作成したサンプルNASA HDF4プロットです。私はあなたが、例えば、appropriate conversion toolsとHDF5するHDF4データを変換することができると信じて

Answer 2

HDF特定の機能はまだオクターブで実装されていません。しかし、Octaveは標準のloadコマンドでその形式を扱うことができます。ちょうどload path-to-hdf-fileを実行すれば、構造体をメモリにロードします。

ヘルプメールアーカイブの記事を参照してください。How to read HDF dataおよびread data subsets from HDF5

Answer 3

h4toh5。

$ h5dump secondhdf5.h5 
HDF5 "secondhdf5.h5" { 
GROUP "/" { 
    DATASET "dbldata" { 
     DATATYPE H5T_IEEE_F64LE 
     DATASPACE SIMPLE { (3, 4)/(3, 4) } 
     DATA { 
     (0,0): 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 
     (1,0): 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 
     (2,0): 3.1, 3.2, 3.3, 3.4 
     } 
    } 
    DATASET "fltdata" { 
     DATATYPE H5T_IEEE_F32LE 
     DATASPACE SIMPLE { (3, 4)/(3, 4) } 
     DATA { 
     (0,0): 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 
     (1,0): 2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 
     (2,0): 3.1, 3.2, 3.3, 3.4 
     } 
    } 
    DATASET "intdata" { 
     DATATYPE H5T_STD_I32BE 
     DATASPACE SIMPLE { (3, 4)/(3, 4) } 
     DATA { 
     (0,0): 1, 2, 3, 4, 
     (1,0): 5, 6, 7, 8, 
     (2,0): 9, 10, 11, 12 
     } 
    } 
} 
} 

を：.h5ファイル（プラスチェック）をロードするためのオクターブで

は、同じくらい簡単です：次のようにところで

octave:1> load secondhdf5.h5 
octave:2> whos 
Variables in the current scope: 

    Attr Name   Size      Bytes Class 
    ==== ====   ====      ===== ===== 
     dbldata  4x3       96 double 
     fltdata  4x3       96 double 
     intdata  4x3       48 int32 

Total is 36 elements using 240 bytes 

octave:3> size(dbldata) 
ans = 

    4 3 

、 'secondhdf5.h5' の内容でした

Answer 4

OctaveでのHDF5サポート< = 4.0は、Octave自体がSimple File IO機能を使用して作成したファイルのみを対象としています。単一の任意のデータセットまたはその一部を読み取ることができないなど、データが他の場所から来る場合は、多くの欠点があります。より完全かつ/書き込みデータセットと属性を読み取るMatlabの互換性の機能のために現時点では

、

https://github.com/stegro/hdf5oct

編集モジュールを参照してください：私はこのプロジェクトに貢献しました。