GenomicFeaturesパッケージのインストールの問題

Question

簡単なインストールの質問ですみませんが、申し訳ありませんが、自分で解決できないことは自分の生産性を著しく損なうものです。とにかく、私はBCウェブサイトが示唆するようにGenomicFeaturesをインストールしようとしました。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures") 

私は次のエラーメッセージ（いくつかの警告メッセージに加えて）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’ 

私は推測する依存関係を持ついくつかの問題を受けたが、前GFに、彼らは自動的にインストールされることを奇妙に思えます。私はバージョン2.15.0を使用しています。問題が何であるかについての手掛かりはありますか？私は必要に応じてより多くの情報を提供することを嬉しく思う。ありがとう。

Answer 1

Martin Morganは、私がコメントで働くと信じている解決策を持っています。私は少しそれについて詳しく説明します。

エラーメッセージは、RCurlとXMLパッケージがインストールされている必要があることを伝えています。これらのパッケージはいずれも、システムに特定の開発パッケージが必要です。あなたはLinuxを実行しているようです。 Debianベースのシステム（Debian、Ubuntu、Mint、...）を使用している場合はRCurlをインストールするにはlibcurl4-openssl-devをインストールし、XMLをインストールするにはlibxml2-devをインストールする必要があります。コマンドラインで比較的簡単にこれを行うことができます。

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev 

これは、必要なパッケージとすべての依存関係をインストールする必要があります。そして、あなたが必要な依存関係を持っているとBioconductorからGenomicFeaturesをインストールすることができるはずです。この時点で

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML") 

R.

内からRCurlおよびXMLパッケージをインストールすることができるはずです。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures") 

のWindowsを使用してそれらのためだけのノート - RCurlとXMLは必ずしも容易ではない取得、しかし、博士ブライアン・リプリーはhis websiteでこれらのパッケージ用のバイナリを提供し、あなたは非常に簡単にそこからそれらをダウンロードすることができます。当初RCurlとXMLの問題があるのを見たとき、私は実際のエラーを見てLinuxユーザーであることを理解するまでは、Windowsユーザーでなければならないと思っていました。