juliaには、データセットをロードせずにhdf5ファイルのフィールド(構造、グループ、ディメンションを含む)をリストする方法はありますか? HDF5パッケージにh5ls -r -fと似たものが見つかりませんでした。ありがとう。juliaのhdf5ファイルのリストフィールド
3
A
答えて
3
非常にラフな要旨は次の出力を与えるHDF5ファイル構造のマッピングのためのh5_get_structure.jl です:
/Users/TM/Temp/test.h5: HDF5.HDF5File (length 10)
AcquisitionLog: HDF5.HDF5Group (length 0)
AddTraces: HDF5.HDF5Group (length 5)
PTR-Instrument: HDF5.HDF5Group (length 0)
PTR-Misc: HDF5.HDF5Group (length 0)
PTR-Reaction: HDF5.HDF5Group (length 0)
TOFSupply: HDF5.HDF5Group (length 0)
TofSupply: HDF5.HDF5Group (length 2)
TwData: HDF5Dataset()
TwInfo: HDF5Dataset (28, 2)
FullSpectra: HDF5.HDF5Group (length 3)
MassAxis: HDF5Dataset (100239,)
SumSpectrum: HDF5Dataset (100239, 1)
TofData: HDF5Dataset (100239, 1, 1, 6000)
PTR-Concentration: HDF5.HDF5Group (length 0)
PTR-Peaktable: HDF5.HDF5Group (length 2)
Data: HDF5Dataset (317, 8) Float64
Info: HDF5Dataset (317,)
PTR-PrimaryIonSettings: HDF5.HDF5Group (length 0)
PTR-Transmission: HDF5.HDF5Group (length 0)
PeakData: HDF5.HDF5Group (length 2)
PeakData: HDF5Dataset (317, 1, 1, 6000)
PeakTable: HDF5Dataset (4, 317) Float64
RawData: HDF5.HDF5Group (length 1)
HPTDC: HDF5.HDF5Group (length 0)
TimingData: HDF5.HDF5Group (length 1)
BufTimes: HDF5Dataset (6000,)
2
あなたの質問は100%ではありませんが、何か情報がありませんprint
またはnames
を使用していますか?
ここで
# make hdf5 file & add two datasets
A = Vector{Int}(1:10)
h5write("bar.h5", "foo", A)
h5write("bar.h5", "2foo", 2A)
i = h5open("bar.h5", "r") # Open it
names(i)
# 2-element Array{String,1}:
# "2foo"
# "foo"
[println(a) for a in i]
# HDF5 dataset: /2foo (file: bar.h5)
# HDF5 dataset: /foo (file: bar.h5)
## Run h5ls
;h5ls "bar.h5"
# 2foo Dataset {10}
# foo Dataset {10}
+0
はこの作品をありがとう。しかし、h5ls -r -fのようなグループやデータセット(dim、maximal dim)を含むHDF5ファイルの完全な構造をリストする、より高度なJulia関数ではありませんか?私は自分の質問を編集しました – user3507085
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これは 'dump'と呼ばれるものでしたが、' Base.dump'を間違ってオーバーロードして削除されました。交換は行われていませんが、役に立つと思われます。 https://github.com/JuliaIO/HDF5.jl/pull/395を参照してください。 – gggg
オリジナルのユーティリティー「h5ls -rf」を上回る利点はあまりないようです。 – slowbrain
@slowbrain多くのおかげで、私は期待した。いずれにしても、h5lsに似たものはHDF5パッケージには実装されていないことに非常に驚いています。 hdf5ライブラリのための非常に不可欠なツールとして私には思われます。 – user3507085