glmプロットの軸目盛りラベルを手動で制御

Question

traitglm()出力をプロットするのにlevelplot()を使用しています。軸ラベルは自動化されています。それぞれの目盛りラベルをカスタム表現に置き換えたいとします。つまり、 'woo'は 'Wood'、 'XH'は 'Grassland'でなければなりません。

また、 'XH'、 'XL''XO'を 'XO'、 'XL'、 'XH'の順に並べ替えることはできますか？

私はプロットするために、このコードを使用します。

aSO  = max(abs(traitsglm)) 
colortSO = colorRampPalette(c("blue", "white", "red")) 
plot.4thSO = levelplot(t(as.matrix(traitsglm)), 
         xlab = "Env", 
         ylab = "Traits", 
         col.regions = colortSO(100), 
         at = seq(-aSO, aSO, length = 100), 
         scales = list(x = list(rot = 45))) 
print(plot.4thSO) 

出力は次のようになります。何かアドバイスのため

感謝：

これはdputですが（）の特色：

> dput(traitsglm) 
structure(c(0, 0, 0, 0, -0.0156616179765263, 0.0457475723683713, 
0, 0, 0.065063431709575, 0.0390952440996195, 0, -0.0194671501115163, 
0, -0.0234664518436303, 0, 0.0916078166850258, 0.0109256858453898, 
0, 0.0137149350117998, 0, -0.0227890851186177, 0, 0, 0.0419307281357592, 
0.0143375543423802, 0, 0, 0, -0.0470842266584843, -0.0154350203811271, 
0, 0.0167536127627214, 0, 0, 0, -0.0294763453032897, 0, 0, -0.0456185799682106, 
0.0207276137008492, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.000971877948579576, 0.0141354127135407, 
0, 0, -0.0142399452642402, 0, 0, 0.0169159154100949, 0, 0, -0.0126555144059337, 
0, 0, -0.00956369894367865), .Dim = c(20L, 3L), .Dimnames = list(
    c("disan", "disba", "diszo", "frube", "fruca", "frudr", "frufo", 
    "frule", "frunu", "frusy", "pgt", "pola", "polb", "polf", 
    "poli", "polw", "polx", "hei", "see", "woo"), c("XH", "XL", 
    "XO"))) 

Answer 1

可能なアプローチの1つは、行列を変更してからlevelplot()に渡すことです。オリジナル

：

> traitsglm 
       XH   XL   XO 
disan 0.00000000 -0.02278909 0.0000000000 
disba 0.00000000 0.00000000 0.0000000000 
diszo 0.00000000 0.00000000 0.0000000000 
frube 0.00000000 0.04193073 0.0000000000 
fruca -0.01566162 0.01433755 0.0000000000 
frudr 0.04574757 0.00000000 0.0000000000 
frufo 0.00000000 0.00000000 0.0009718779 
frule 0.00000000 0.00000000 0.0141354127 
frunu 0.06506343 -0.04708423 0.0000000000 
frusy 0.03909524 -0.01543502 0.0000000000 
pgt 0.00000000 0.00000000 -0.0142399453 
pola -0.01946715 0.01675361 0.0000000000 
polb 0.00000000 0.00000000 0.0000000000 
polf -0.02346645 0.00000000 0.0169159154 
poli 0.00000000 0.00000000 0.0000000000 
polw 0.09160782 -0.02947635 0.0000000000 
polx 0.01092569 0.00000000 -0.0126555144 
hei 0.00000000 0.00000000 0.0000000000 
see 0.01371494 -0.04561858 0.0000000000 
woo 0.00000000 0.02072761 -0.0095636989 

変更されたバージョン：

# reverse x-axis order 
tg <- traitsglm[,3:1] 

# change axis labels 
attr(tg, "dimnames") <- list(
    c("Y1", "Y2", "Y3", "Y4", "Y5", "Y6", "Y7", "Y8", "Y9", "Y10", 
    "Y11", "Y12", "Y13", "Y14", "Y15", "Y16", "Y17", "Y18", "Y19", "Wood"), 
    c("X1", "X2", "Grassland") 
) 

> tg 
       X1   X2 Grassland 
Y1 0.0000000000 -0.02278909 0.00000000 
Y2 0.0000000000 0.00000000 0.00000000 
Y3 0.0000000000 0.00000000 0.00000000 
Y4 0.0000000000 0.04193073 0.00000000 
Y5 0.0000000000 0.01433755 -0.01566162 
Y6 0.0000000000 0.00000000 0.04574757 
Y7 0.0009718779 0.00000000 0.00000000 
Y8 0.0141354127 0.00000000 0.00000000 
Y9 0.0000000000 -0.04708423 0.06506343 
Y10 0.0000000000 -0.01543502 0.03909524 
Y11 -0.0142399453 0.00000000 0.00000000 
Y12 0.0000000000 0.01675361 -0.01946715 
Y13 0.0000000000 0.00000000 0.00000000 
Y14 0.0169159154 0.00000000 -0.02346645 
Y15 0.0000000000 0.00000000 0.00000000 
Y16 0.0000000000 -0.02947635 0.09160782 
Y17 -0.0126555144 0.00000000 0.01092569 
Y18 0.0000000000 0.00000000 0.00000000 
Y19 0.0000000000 -0.04561858 0.01371494 
Wood -0.0095636989 0.02072761 0.00000000 

プロットが変更されたバージョンを使用して：ラベルを制御する

library(lattice) 

levelplot(t(as.matrix(tg)), 
      xlab = "Env", 
      ylab = "Traits", 
      col.regions = colortSO(100), 
      at = seq(-aSO, aSO, length = 100), 
      scales = list(x = list(rot = 45)))