グループ/クラスに基づくPCAの機能の貢献

Question

私は、各タイプのワインクラス（barolo、grignolino、barbera）の機能の寄与をプロットしたいと思います。 fviz_contribでは、以下のMWEに示すように、すべてのクラスに寄与します。 しかし私はクラス/グループによって個別にフィルタリングされたものを計算し/プロットすることが可能かどうか、それをどのようにプロットしているのだろうと思っていました。

library(ggbiplot) 
library(factoextra) 

data(wine) 

wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE) 

# plot the PCA 
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE)) 

# plot the contributions of the features for all wine classes 
g.contr <- fviz_contrib(wine.pca, choice = "var", axes = 1:2, fill = "lightblue", color = "darkblue", top = 45) 
print(g.contr) 

Answer 1

あなたはseparatly各クラスのPCAを計算する場合：あなたの迅速な対応のための@timat

barolo.pca <- prcomp(wine[wine.class=="barolo", ], scale. = TRUE) 
grignolino.pca <- prcomp(wine[wine.class=="grignolino", ], scale. = TRUE) 
barbera.pca <- prcomp(wine[wine.class=="barbera", ], scale. = TRUE) 
# plot the contributions of the features for each wine classes 

g.contr <- fviz_contrib(barolo.pca, choice = "var", axes = 1:2, fill = "lightblue", color = "darkblue", top = 45) 
print(g.contr) 

g.contr <- fviz_contrib(grignolino.pca, choice = "var", axes = 1:2, fill = "lightblue", color = "darkblue", top = 45) 
print(g.contr) 

g.contr <- fviz_contrib(barbera.pca, choice = "var", axes = 1:2, fill = "lightblue", color = "darkblue", top = 45) 
print(g.contr)