2つの文字

Question

次のように私はファイルを持っている間の数のGSUBを使う：私は2「_」の間の数字を削除する。すなわち

HNRNPF-human_SRA:SRR442174_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

：

HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_1_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF187PBG.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_2_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_1_ENCFF588WPC.fastq.gz      
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF550GXB.fastq.gz 

を、私はそれらを再ラベル付けしたいと思います、私はGSUBとスプリットのような別のコマンドをしようとしますが、私ができる唯一のsplitコマンドでされました：

name=U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz 
    echo $name | awk '{split($0, arr, "[__]"); print arr[3]}' 

Answer 1

awkソリューション。 （_に置き換える）あなたの文字列からすべての_<digit>_を削除するには

$ awk -F_ -v OFS=_ '{print $1,$2,$4}' file 
HNRNPF-human_SRA:SRR4421749_ENCFF938GRX.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF187PBG.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 
HNRNPK-human_SRA:SRR3469488_ENCFF267TVR.fastq.gz 
RBFOX2-human_SRA:SRR4421654_ENCFF588WPC.fastq.gz 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF550GXB.fastq.gz 

Answer 2

を、簡単なsed代替が行います：これが行います

$ sed 's/_[0-9]_/_/g' file 

Answer 3

をawkを使用する：

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz 

変数に保存する：

$ myvar=$(awk 'sub(/_[0-9]+_/,"_")' <<<"$name") 
$ echo "$myvar" 

やbashの文字列置換

$ name="U2AF2-human_SRA:SRR3469570_1_ENCFF158ZML.fastq.gz" 
$ echo "${name/_[0-9]*_/_}" 
U2AF2-human_SRA:SRR3469570_ENCFF158ZML.fastq.gz