Pythonエラー。 os.walkでファイルを見つけることができません

Question

私の現在の作業ディレクトリでは、私は私のpythonスクリプトを実行して、私は、ファイル 'genes.faa.genespercontig.csv'を含む複数のサブディレクトリを持っています。これらのファイルのパンダデータフレームを作成したいと思います。

私は私のスクリプトを実行すると、私はエラーを取得：次のように

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\\Users\\KLIF\\Documents\\Linda\\genes.faa.genespercontig.csv\\r' 

私のスクリプトは次のとおりです。

import os 
import pandas as pd 

for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()): 
    with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv', 'r')) as f1: 
     df1 = pd.read_csv('f1', header=None, delim_whitespace=True, names = ["contig", "genes"]) 
     print(df1) 

私は、ファイルがデサブディレクトリにあることを確信しているが、なぜPythonのことができますそれを見つけることはありませんか？

Answer 1

"r"が "genes.faa.genespercontig.csv"というディレクトリ内のファイルでない限り、単純な構文エラーです。

... 
with open(os.path.join(root, 'genes.faa.genespercontig.csv'), 'r') as f1: 
... 

はまた、あなたがファイルをサブディレクトリ内に含まれていると言うことを考えると、あなたはおそらくos.walk関数によって返さdirs変数内のサブディレクトリをループする必要があります。あなたの括弧は、わずかに調整する必要があります文字列'f1'を使用してpd.read_csvに渡しますが、おそらく開いているファイルオブジェクトが必要です。以下のような何か：

... 
filepath = os.path.join(root,subdir,'genes.faa.genespercontig.csv') 
if os.path.isfile(filepath): 
    with open(filepath, 'r') as f1: 
...