メモリを解放することによるセグメンテーションフォールト

Question

私はこの問題を解決するのに苦労しているが、役に立たない。以下のコードでは、charポインタ（all_seq）を使用していますが、コードの最後で解放すると、segfaultsが発生することがあります。明らかに入力ファイルに依存するので、時々言います。小さな入力ファイルでは問題ありません。大きなものでもいいです。中間サイズのファイルでは、segfaultsとなります。私はちょうど理由を理解することができません...

どんな考えも大歓迎です。ありがとう。メモリを解放するに

/* SeqProb (Sequence Probability) - 2012/03/13 */ 
/* Given a series of aligned sequences -in one file, one per line- this program calculates the probability of having, in each location, the letter in the first sequence. */ 

#include <stdio.h> 
#include <math.h> 
#include <stdlib.h> 
#include <string.h> 

FILE *input_file; 
FILE *output_file; 

/////////////////////////////// 
// DECLARATION OF FUNCTIONS: // 
/////////////////////////////// 
int GetSize(FILE *file, int *length, int *lines); 
double CalcProb(char *one_seq); 

////////////////////////////////////////////////////////////////// 
// ************************************************************ // 
// **************  START MAIN BLOCK  ************** // 
// ************************************************************ // 
////////////////////////////////////////////////////////////////// 

int main(int argc, char *argv[]) // We expect three command-line arguments: 1)program name, 2)file to read and 3)file to write. 
{ 
    int i=0,j=0; 
    int length, lines, size; 
    double prob=0; 
    char *all_seq, *one_seq; 

//////////////////////////// 
// CHECK INPUT ARGUMENTS: // 
//////////////////////////// 
// Check if arguments in command line are right and if file can be opened for reading: 

    if (argc != 3) { // There should be 3 arguments for correct execution 
     printf("\n Usage: %s <input file> <output file>\n\n ", argv[0]); // We print argv[0] assuming it is the program name 
     exit(1); 
    } 

    if (!(input_file=fopen(argv[1],"r"))){ 
     printf("\n Error: can't open input file \n\n"); 
     exit(2); 
    } 

    if (!(output_file=fopen(argv[2],"w"))){ 
     printf("\n Error: can't open output file \n\n"); 
     exit(3); 
    } 

///////////////////////////////////////// 
// GET LENGTH AND NUMBER OF SEQUENCES: // 
///////////////////////////////////////// 
    GetSize(input_file,&length,&lines); 
    size=length*lines; 
    printf("\n length of sequences = %d\n",length); 
    printf(" number of sequences = %d\n",lines); 

////////////////////////////////////////////////////// 
// ALLOCATE MEMORY FOR all_seq AND one_seq VECTORS: // 
////////////////////////////////////////////////////// 
    all_seq = (char *) malloc((length*lines+10)*sizeof(char)); 
    one_seq = (char *) malloc((lines+10)*sizeof(char)); 
    if (all_seq == NULL){ // In case of memory allocation failure, exit. 
     printf ("Error: Can't allocate memory \n"); 
     exit(4); 
    } 
    if (one_seq == NULL){ // In case of memory allocation failure, exit. 
     printf ("Error: Can't allocate memory \n"); 
     exit(5); 
    } 

///////////////////////////////////////////// 
// INITIALIZE VECTORS all_seq and one_seq: // 
///////////////////////////////////////////// 
    for (i=0;i<=size;i++) { 
     all_seq[i]=0; 
    } 
    for (i=0;i<=length;i++) { 
     one_seq[i]=0; 
    } 

/////////////////////////////////////////////////////// 
// LOAD SEQUENCES FROM INPUT FILE IN VECTOR all_seq: // 
/////////////////////////////////////////////////////// 
// Read input file, containing sequences, and put every letter into the all_seq vector, one sequence right after the other (we'll also include the escape character (\n) at the end of each line). 
// Note that, in this way, the letter at location (row,col) in the input file will be given by all_seq[(length+1)*row+col]: 
    printf("\n Processing file: %s\n\n", argv[1]); 
    rewind(input_file); 
    for (i=0; i<=size; ++i) { 
     fscanf(input_file,"%c",&all_seq[i]); 
//  printf("%d: %c\n",i, all_seq[i]); 
    } 
// printf("%c",all_seq[2]); 

/////////////////////////////////////////////////////////////// 
// CALCUALTE PROBABILITIES OF EACH LETTER IN FIRST SEQUENCE: // 
/////////////////////////////////////////////////////////////// 
// Read one column at a time, write it to the one_seq vetor, and calculate the probability of occurrance of the first letter in that column; repeat for all columns: 
    for (j=0; j<length; j++) { 
     for (i=0; i<lines; i++) { 
     one_seq[i]=all_seq[(length+1)*i+j]; 
     } 
     prob = CalcProb(one_seq); 
//  printf("col=%d: prob=%f \n\n",j,prob); 
// Write output file: the first column is just an enumeration, from 1 to the length of the sequences, and the second column gives the probability for finding the first letter in the column, anywhere along the column (a measure of its conservation). 
     fprintf(output_file,"%d  %f\n",j+1,prob); 
    } 

//////////////////////////////////// 
/// CLOSE FILES AND FREE MEMORY: /// 
//////////////////////////////////// 
    fclose(input_file); 
    fclose(output_file); 
    free(all_seq); 
    free(one_seq); 
    return(0); 
} 
////////////////////////////////////////////////////////////////// 
// ************************************************************ // 
// ***************  END MAIN BLOCK  *************** // 
// ************************************************************ // 
////////////////////////////////////////////////////////////////// 

////////////////////////////////////////////////////// 
// FUNCTION GetSize: LENGTH AND NUMBER OF SEQUENCES // 
////////////////////////////////////////////////////// 
int GetSize(FILE *file, int *length, int *lines) 
{  
    char c; 
    int i=0; 
    int *len; 
// Count how many characters in first line: 
    while ((c=fgetc(file)) != '\n') { 
    ++i; 
    } 
    *length=i; 
    *lines=0; 
    *len=0; 

// Now count many lines, and check that all lines have same length: 
    i=0; 
    rewind(file); 
    while ((c=fgetc(file)) != EOF) { 
     ++i; 
     if (c=='\n') { 
     *lines=*lines+1; 
     *len=i-1; 
     i=0; 
//  printf("length=%d\n",*len); 
     if (*len != *length && *len != 0) { 
      printf("ERROR: not all lines in input file have the same length.\n"); 
      exit(6); 
     } 
     if (*len == 0) { 
      *lines=*lines-1; 
     } 
     } 
    } 

// printf("lines=%d\n",*lines); 
    return(0); 
} 

/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
// FUNCTION CalcProb: PROBABILITY OF THE FIRST CHARACTER IN THE GIVEN VECTOR // 
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// 
double CalcProb(char *one_seq) 
{ 
    int i=0; 
    double count=0, prob=0; 
    while (one_seq[i] != '\0') { 
//  printf("one_seq[%d]= %d\n",i,one_seq[i]); 
    if (toupper(one_seq[i]) == toupper(one_seq[0])) { 
     count=count+1; 
    } 
    i=i+1; 
    } 
    prob=count/i; 
// printf("count=%f, i=%d, prob=%f: \n",count,i,prob); 
    return(prob); 
} 

Answer 1

エラーは、一般に無効なポインタ、または前のバッファ（同じブロックの）アンダーランまたはオーバーラン（その前ブロック）を解放し、二回（ここではそうではない）は、同じポインタを解放することによって引き起こされます管理データが破損する原因となります。小さなファイルではなく大きなファイルを入力として処理すると言うので、バッファをオーバーランさせる可能性が最も高いです。

lines要素のみを割り当てると、0からlengthまでの繰り返しでone_seq []をオーバーランされているようです。あなたは+10安全地帯をドロップすることができるはず、とループが最後のインデックス、ない<=<であるために、あなたもあなたの問題を解決する必要があることも

は

注意。