numpy/scipy/scikit-learnのためのFedoraのpython virtualenvのATLAS

Question

virtualenvを使用しているときにPythonがインストールされたATLASライブラリを私のディストリビューションから見つけて使用するように苦労しています。

これはFedora 21、atlas、atlas-devel、blas、blas-develがインストールされています。

atlas_3_10_blas_threads_info: 
    libraries = ['tatlas'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None), ('ATLAS_INFO', '"\\"3.10.1\\""')] 
    language = c 
    include_dirs = ['/usr/include'] 
lapack_opt_info: 
    libraries = ['tatlas', 'tatlas', 'tatlas'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas'] 
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.10.1\\""')] 
    language = f77 
    include_dirs = ['/usr/include'] 
blas_opt_info: 
    libraries = ['tatlas'] 
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None), ('ATLAS_INFO', '"\\"3.10.1\\""')] 
    language = c 
    include_dirs = ['/usr/include'] 
openblas_info: 
NOT AVAILABLE 
openblas_lapack_info: 
NOT AVAILABLE 
[...] 

そしてls /usr/lib64/atlas/います：

libatlas.a libsatlas.so libsatlas.so.3.10 libtatlas.so.3 
libcblas.so libsatlas.so.3 libtatlas.so  libtatlas.so.3.10 

私はまた、セットアップ、環境変数、echo $ATLASは

/usr/lib64/atlas/libsatlas.so 

を与えるようにvirtualenvの外では、コマンドpython -c 'import numpy; numpy.show_config()'は、私がATLASをしていることを示していしかし、私が次のことをするとき：

virtualenv venv 
source venv/bin/activate 
pip install --upgrade pip 
pip install numpy 
pip install scipy 
pip install scikit-learn 
python -c 'import numpy; numpy.show_config()' 

私が取得：

lapack_opt_info: 
    libraries = ['openblas', 'openblas'] 
    library_dirs = ['/usr/local/lib'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None)] 
    language = c 
blas_opt_info: 
    libraries = ['openblas', 'openblas'] 
    library_dirs = ['/usr/local/lib'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None)] 
    language = c 
openblas_info: 
    libraries = ['openblas', 'openblas'] 
    library_dirs = ['/usr/local/lib'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None)] 
    language = c 
openblas_lapack_info: 
    libraries = ['openblas', 'openblas'] 
    library_dirs = ['/usr/local/lib'] 
    define_macros = [('HAVE_CBLAS', None)] 
    language = c 
blas_mkl_info: 
NOT AVAILABLE 

私はnumpyのを取得する方法を支援し、見つけるとvirtualenvの中で私の分布から、ATLASを使用し、単純にscipyのダウンロードは本当にいただければ幸いです。

Answer 1

あなたのATLASライブラリの場所をnumpyのsetup.pyに伝える必要があります。

pip installを実行する前に、.numpy-site.cfgファイルをホームフォルダに作成してみてください。 Here'sこのファイルのテンプレート。

あなたはおそらく、これは私の経験では試行錯誤の少しを必要としていた、が、ライン

[atlas] 
library_dirs = /usr/lib64/atlas 
include_dirs = /usr/include 

を追加する必要があります。

このファイルをpip installと組み合わせて使用​​すると、RHELとUbuntuでは、少なくともsudoが不要な仮想環境内で確実に動作するようです。

numpy、scipy、およびscikit-learnの1つ以上で失敗した場合は、代わりにソースからインストールし、ソースディレクトリ内のsite.cfgファイルを変更してからpython setup.py installを実行してください。