R機能は

Question

は私、私は、コマンドラインからRスクリプトを実行できるように、私は、コマンドライン引数を解析するために使用しています下の以下の機能を持っている：ここで

parseArguments <- function() { 
    text1 <- commandArgs(TRUE) 
    eval(parse(text=gsub("\\s", ";", gsub("--","", text1)))) 
    args <- list() 
    for(ar in ls()[! ls() %in% c("text1", "args")]) {args[ar] <- get(ar)} 
    return (args) 
} 

はCLIです

./myscript.R --param1='XLIF' --param2='ESX' --param3=5650.0 --param4=5499.2 --param5=0.0027397260274 --param6='Jul' --riskfreerate=0.817284313119 --datafile='/path/to/some/datafile.csv' --imagedir='/path/to/images' --param7=2012 --param8=2 
Error in parse(text = gsub("\\s", ";", gsub("--", "", text1))) : 
    8:10: unexpected '/' 
7: riskfreerate=0.817284313119 
8: datafile=/ 
      ^
Calls: parseArguments -> eval -> parse 
Execution halted 

ヘルプ：私は、次のコマンドライン引数を使用して、CL引数を解析するために、上記の機能を使用していますRスクリプトを呼び出すしようとしたセッション出力？

[[更新]]

私はディルクのアドバイスに従い、optparseライブラリをインストールしました。私のコードは次のようになります。

library(optparse) 

# Get the parameters 
option_list <- list(
    make_option(c("-m", "--param1"), action="store_false"), 
    make_option(c("-t", "--param2"), action="store_false"), 
    make_option(c("-a", "--param3"), action="store_false"), 
    make_option(c("-s", "--param4"), action="store_false"), 
    make_option(c("-x", "--param5"), action="store_false"), 
    make_option(c("-o", "--param6"), action="store_false"), 
    make_option(c("-y", "--param7"), action="store_false"), 
    make_option(c("-r", "--riskfreerate"), action="store_false"), 
    make_option(c("-c", "--param8"), action="store_false"), 
    make_option(c("-d", "--datafile"), action="store_false"), 
    make_option(c("-i", "--imagedir"), action="store_false") 
) 

# get command line options, i 
opt <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list)) 

私はそれを同じコマンドラインパラメータを渡すRスクリプトを実行すると、私が手：

Loading required package: methods 
Loading required package: getopt 
Error in getopt(spec = spec, opt = args) : 
    long flag "param1" accepts no arguments 
Calls: parse_args -> getopt 
Execution halted 

???

Answer 1

私はあなたがoptparseで発生するエラーについてのあなたの2番目の質問、答えています：make_optionヘルプページ（...）から

を：

アクション：アクションを説明する文字列をoptparseは「store」、「store_true」、または「store_false」のいずれかのオプションに遭遇したときに実行する必要があります。 "store_true"は、オプションが見つかるとTRUEを格納し、 "store_false"はオプションが見つかるとFALSEを格納します。

要するに

、あなたが何かを実行したい場合action = "store"（デフォルト）を使用する必要があります。リンク用

./myscript.R --param1='XLIF' --param2='ESX' [...] 

Answer 2

はい、これにはCRANパッケージgetoptとoptparseがあります。