H-PoPG Haplotyper NullPointerExceptionアルゴリズムのエラー.HBOP2Builder

Question

こんにちは私はゲノムアセンブリメソッドを構築しています。私のパイプラインの重要なステップは段階的です。私はさまざまな方法で検索しており、最近、倍数体ハプロタイプ決定に有望と思われるH-PoPGを発見しました。私はそれに私のデータをテストしようとしているが、私は次の結果を得て、Web上でヘルプやフォーラムを見つけることができませんでした。

java -jar H-PoPG.jar -p 3 -w 0.9 -f fragment_matrix_Chrm1 -vcf PilonChrm1.vcf -o output_phased_Chrm1 

をこれはエラーメッセージです：

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException 
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:59) 
at algorithms.HBOP2Builder.<init>(HBOP2Builder.java:25) 
at algorithms.HPBOP2Alg.buildHaplotype(HPBOP2Alg.java:24) 
at main.PolyPlotyping.Polyphasing(PolyPlotyping.java:224) 
at main.PolyPlotyping.go(PolyPlotyping.java:159) 
at main.PolyPlotyping.main(PolyPlotyping.java:280) 
srun: error: neumann: task 0: Exited with exit code 1 

誰もがこのエラーから来る可能性がどこに私を説明することによって正しい方向に私を指すでし

これは、私が使用しているコマンドですか？ 多くのありがとう

Answer 1

データを実行しましたが、vcfファイルなしでコマンドを実行しても問題ないことがわかりました。 エラーメッセージは、vcfファイルで実行すると発生します。 VCFファイルが多く含まれている が重なっているよう：

Chromosome_1_Reference 16  .  A  .  1486 LowCov DP=39;TD=43;BQ=38;MQ=57;QD=38;BC=39,0,0,0;QP=100,0,0,0;PC=119;IC=0;DC=0;XC=0;AC=0;AF=0.00  GT  0/0 
Chromosome_1_Reference 16  .  AAACCC A  .  Amb;LowCov  DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.29  GT  0/1 
Chromosome_1_Reference 17  .  A  C  1018 Amb;LowCov  DP=56;TD=60;BQ=39;MQ=57;QD=25;BC=19,21,0,0;QP=48,52,0,0;PC=119;IC=0;DC=16;XC=1;AC=1;AF=0.52  GT  0/1 

VCFファイルをチェックし、すべてのSNP位置が一行だけ、 で覆われていることを確認し、各ラインの最後の列がなければならないことをしてください0/0/1または0/1/1であり、倍数性が3（-p 3）である。