OpenMPでプログラムが遅くなることはありません

Question

私の目標は、Fortranプログラムでセクションを並列化することです。プログラムの流れは次のとおりです。ファイル

から

1. 読み出しデータは、いくつかの計算
2. を作る私は以来、書き込み処理を並列化したいここでは2つの異なるファイル

に結果を書き込みます別のファイルに書き込む。

module foo 
     use omp_lib 
     implicit none 
     type element 
      integer, dimension(:), allocatable   :: v1, v2 
      real(kind=8), dimension(:,:), allocatbale :: M 
     end type element 

    contains 

    subroutine test() 
     implicit none 
     type(element)  :: e 


     do 
      e = read_data_from_file() 

      call compute_data(e) 

      !$OMP SECTIONS 
      !$OMP SECTION 
      !$ call write_to_file1(e) 
      !$OMP SECTION 
      !$ call write_to_file2(e) 
      !$OMP END SECTIONS 
     end do 
    end subroutine test 


    ... 

    end module foo 

しかし、このプログラムはそれほど速く進んでいません。だから私は何か不足していると思う？

Answer 1

一般に、科学的コンピューティングコードを帯域幅制限アルゴリズムと計算制限アルゴリズムで分割することができます。帯域幅に束縛されたアルゴリズムはすべて、必要なデータに対してわずかな操作しか行いません。 O（n）フロップが実行されるO（n）データを持つように。ハードディスクの速度やネットワークの接続速度を考えると、I/Oは帯域幅操作であり、ひどく並列化できない。
実際に並列化のパフォーマンスを上げたい場合は、コードを帯域幅制限アルゴリズムと計算境界アルゴリズムに分割し、後で並列化するために時間を使います。

Answer 2

問題をより正確に指定すると、それを解決することを熱望する何百もの専門家がいます。上記のコメントから、私はあなたがバイナリ出力を使用していることがわかりますが、依然として帯域幅がより速く書けるようになっています。つまり、ディスク速度は問題なく、構文解析によって制限されません。これより速いペースでデータを取り出すことができます。

同じように遅いコードで書き込み速度を上げるのではなく、書き込み速度に追いつくようにコードを最適化します。

帯域幅の最大値で2つのファイルを連続して書き込むことは、並列（同じ最高速度）で書くことと同じくらい高速で簡単です。

私が間違っていて実際にIOで制限されている場合は、How to avoid programs in status Dというこの他の質問/回答が役に立ちます。