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パッケージのgithubリポジトリMDAnalysisをクローンしました。これも/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/MDAnalysisの下にインストールしました。pycharm：ソースの代わりにインストールされたパッケージの索引付け
私はPyCharmでクローン化されたリポジトリを開き、下図のように、ソースルートとして設定します：私の問題を
を：私はMDAnalysisのいずれかのサブモジュールに移動しようとすると、PyCharmは私を取りますクローンされたリポジトリのサブモジュールの代わりに、私がインストールしたバージョンのサブモジュールにコピーします。
おそらく、PYTHONPATH変数にソースルートを置いた場合、これを修正できるかもしれませんが、PyCharm環境でこれを行う方法はわかりません。