R - 2つの他の列の比較

Question

に基づいて1列に割り当てる値は、のは、私は次のようなデータを持っているとしましょう：

SNP eff_allele A1 A2 
rs1000000 A A G 
rs10000010 C C T 
rs1000002 T T C 
rs10000023 G T G 

私はどちらかの値をとる新しい変数、alt_alleleを作成したいです列A1またはA2のいずれかを選択します。 eff_alleleがA1に等しい場合、alt_alleleはA2の値を取得し、eff_alleleがA2に等しい場合、alt_alleleはA1の値を取得する必要があります。

試み1：

if (myData$eff_allele == myData$A1) { 
myData$alt_allele <- myData$A2 
} 
if (myData$eff_allele == myData$A2) { 
myData$alt_allele <- myData$A1 
} 

試み2：

height_fam$alt_allele[height_fam$eff_allele == height_fam$A1] <- height_fam$A2 
height_fam$alt_allele[height_fam$eff_allele == height_fam$A2] <- height_fam$A1 

これらの両方が動作しません...私が間違っているのは何私は2つの試みをしましたか？どのように私は私のデータに次の更新を達成することができます

SNP eff_allele A1 A2 alt_allele 
rs1000000 A A G G 
rs10000010 C C T T 
rs1000002 T T C C 
rs10000023 G T G T 

Answer 1

Rで

とmatlabもループを使用しないようにしよう、彼らは遅いです。問題をベクトルで解決してください。

編集：ああ、私はあなたが:)とにかく

a=read.table("a.csv", sep = " ", header = T) 
row = dim(a) 
# Number of rows 
row = row[2] 
newcol = rep("",row) 
A1 = as.character(a$A1) 
A2 = as.character(a$A2) 
eff_allele = as.character(a$eff_allele) 
# a1_ind is FALSE for index that should be equal to A1 
a1_ind = eff_allele!= A1 
newcol[a1_ind] = A1[a1_ind] 
newcol[!a1_ind] = A2[!a1_ind] 
a = cbind(a,newcol) 

をベクトルを使用していないと出力がされます、あなたの質問が間違って読んで：

  SNP eff_allele A1 A2 newcol 
1 rs1000000   A A G  G 
2 rs10000010   C C T  T 
3 rs1000002   T T C  C 
4 rs10000023   G T G  T