ggplot2を使ったヒートマップのプロットレベル

私は最初の列にいくつかのサンプルを持ち、22列目の要素を持つデータフレームを持っています。ヘッド（DF）の出力例：それは私がサンプルあたりchr10の分布のヒートマップを行うことを意図し、通常のプロットのための多くのデータがあるのでggplot2を使ったヒートマップのプロットレベル

Sample Chromosome 
1 Sample2   chr10 
2 Sample2   chr9 
3 Sample3   chr10 
4 Sample3   chr20 
5 Sample3   chr10 
6 Sample1   chr1

。たとえば、Sample2はchr10で2000回発生します。

私が望んでいたのは、ggplotがchr-factorをスケールとして受け入れるかもしれないが、そうではないということでした。ここで

は、私が試したものです：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+ 
    geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+ 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

染色体因子の22レベル以上のいくつかのディストリビューションを持っている約50のユニークなサンプルがあります。

ご協力いただければ幸いです。ありがとうございました！

出典

2017-03-02 chrys

'ggplot（GenomereportTrim、AES（試料、染色体））+ stat_density_2d（GEOM = "ラスター"、AES（フィル：これは簡単に2Dビニング統計を使用することによって達成されます..）、contour = FALSE） '？ – Axeman

残念ながら、 'stat_density2d（）'で計算が失敗しました：帯域幅は厳密に正でなければならない ' – chrys

私はあなたが望むものについては明確ではありません。一方の軸にサンプルを、もう一方に染色体を持つヒートマップが必要ですか？、各サンプルに染色体が存在する頻度に対応する色？ –

私が正しく理解していれば、染色体あたりのサンプル数に対応する塗りつぶし色のSample×Chromosomeプロットが必要です。 = ..density

ggplot(data) + 
    aes(Sample, Chromosome) + 
    geom_bin2d()

出典

2017-03-02 11:31:11

あなたの助けをありがとう、それは完全に働いた。グラデーションスケールを調整する方法はありますか？ – chrys

@chrys確かに。どのような意味で調整しますか？マニュアルの 'scale_fill_ {continuous、manual、brewer}'関数を調べることができます。あなたはカラースキーム、限界、休憩などを含むあなたが行うことができるカスタマイズのトンがあります。 –

私はそれ以来、より広い範囲を与えたいと思いました。たとえば、500のカウントは、同じ色のスペクトルにあるため、2000と明確に区別できません。プロットでは、より多くのダニを加えると言うでしょう。 – chrys

ggplot2を使ったヒートマップのプロットレベル

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