dplyr - 間隔の条件付き拡張

Question

私は以下に添付したRの中にdata.frameを持っています。最初の列にはrow.namesが含まれていますが、この例では無視することができます。

私はstartとendの最長の組み合わせを生成したいvalue列のすべての連続運転のために：ここで

は私がやりたいものです。

以下data.frameは次のようになりますためのソリューション：

 start  end value 
1 11498007 11675212 NIC2 
2 11675212 11675695 ED3048 
3 11675695 12007383 NIC2 

私は、これはforループを使用してRで動作するように取得することができますが、私は非常に大きなデータセットで作業していますので、これは法外です。

dplyrまたは別の高速方法で簡単にこれを行う方法はありますか？

 start  end value 
1 11498007 11500185 NIC2 
2 11500185 11503809 NIC2 
3 11503809 11504028 NIC2 
4 11504028 11505268 NIC2 
5 11505268 11506382 NIC2 
6 11506382 11506414 NIC2 
7 11506414 11506422 NIC2 
8 11506422 11506659 NIC2 
9 11506659 11506790 NIC2 
10 11506790 11506921 NIC2 
11 11506921 11507408 NIC2 
12 11507408 11507482 NIC2 
13 11507482 11508111 NIC2 
14 11508111 11510776 NIC2 
15 11510776 11514107 NIC2 
16 11514107 11514141 NIC2 
17 11514141 11514941 NIC2 
18 11514941 11515753 NIC2 
19 11515753 11516308 NIC2 
20 11516308 11520681 NIC2 
21 11520681 11522554 NIC2 
22 11522554 11523088 NIC2 
23 11523088 11525130 NIC2 
24 11525130 11527377 NIC2 
25 11527377 11527525 NIC2 
26 11527525 11527939 NIC2 
27 11527939 11528408 NIC2 
28 11528408 11528420 NIC2 
29 11528420 11528444 NIC2 
30 11528444 11528453 NIC2 
31 11528453 11528611 NIC2 
32 11528611 11529008 NIC2 
33 11529008 11529017 NIC2 
34 11529017 11529257 NIC2 
35 11529257 11530157 NIC2 
36 11530157 11530186 NIC2 
37 11530186 11530421 NIC2 
38 11530421 11530518 NIC2 
39 11530518 11530624 NIC2 
40 11530624 11530666 NIC2 
41 11530666 11530994 NIC2 
42 11530994 11532649 NIC2 
43 11532649 11532738 NIC2 
44 11532738 11533042 NIC2 
45 11533042 11533454 NIC2 
46 11533454 11533912 NIC2 
47 11533912 11534304 NIC2 
48 11534304 11537299 NIC2 
49 11537299 11539754 NIC2 
50 11539754 11541846 NIC2 
51 11541846 11543431 NIC2 
52 11543431 11557925 NIC2 
53 11557925 11558476 NIC2 
54 11558476 11559622 NIC2 
55 11559622 11562905 NIC2 
56 11562905 11569135 NIC2 
57 11569135 11569433 NIC2 
58 11569433 11570277 NIC2 
59 11570277 11570284 NIC2 
60 11570284 11574102 NIC2 
61 11574102 11577288 NIC2 
62 11577288 11579868 NIC2 
63 11579868 11584487 NIC2 
64 11584487 11585017 NIC2 
65 11585017 11585996 NIC2 
66 11585996 11586122 NIC2 
67 11586122 11587155 NIC2 
68 11587155 11588850 NIC2 
69 11588850 11601008 NIC2 
70 11601008 11605243 NIC2 
71 11605243 11606089 NIC2 
72 11606089 11609905 NIC2 
73 11609905 11611376 NIC2 
74 11611376 11621733 NIC2 
75 11621733 11623480 NIC2 
76 11623480 11625922 NIC2 
77 11625922 11634546 NIC2 
78 11634546 11634930 NIC2 
79 11634930 11639416 NIC2 
80 11639416 11640314 NIC2 
81 11640314 11641999 NIC2 
82 11641999 11643118 NIC2 
83 11643118 11650865 NIC2 
84 11650865 11658435 NIC2 
85 11658435 11660037 NIC2 
86 11660037 11660064 NIC2 
87 11660064 11660490 NIC2 
88 11660490 11660544 NIC2 
89 11660544 11666281 NIC2 
90 11666281 11667555 NIC2 
91 11667555 11675212 NIC2 
92 11675212 11675638 ED3048 
93 11675638 11675695 ED3048 
94 11675695 11677084 NIC2 
95 11677084 11677388 NIC2 
96 11677388 11683114 NIC2 
97 11683114 11685474 NIC2 
98 11685474 11689877 NIC2 
99 11689877 11694696 NIC2 
100 11694696 11702279 NIC2 
101 11702279 11703345 NIC2 
102 11703345 11703916 NIC2 
103 11703916 11704719 NIC2 
104 11704719 11705706 NIC2 
105 11705706 11714124 NIC2 
106 11714124 11714678 NIC2 
107 11714678 11715411 NIC2 
108 11715411 11716478 NIC2 
109 11716478 11717317 NIC2 
110 11717317 11720168 NIC2 
111 11720168 11734503 NIC2 
112 11734503 11744967 NIC2 
113 11744967 11759069 NIC2 
114 11759069 11759607 NIC2 
115 11759607 11766365 NIC2 
116 11766365 11769861 NIC2 
117 11769861 11769896 NIC2 
118 11769896 11769916 NIC2 
119 11769916 11769931 NIC2 
120 11769931 11769932 NIC2 
121 11769932 11769935 NIC2 
122 11769935 11769994 NIC2 
123 11769994 11770048 NIC2 
124 11770048 11770088 NIC2 
125 11770088 11770090 NIC2 
126 11770090 11771234 NIC2 
127 11771234 11772929 NIC2 
128 11772929 11781474 NIC2 
129 11781474 11781973 NIC2 
130 11781973 11783884 NIC2 
131 11783884 11784493 NIC2 
132 11784493 11784498 NIC2 
133 11784498 11784732 NIC2 
134 11784732 11785308 NIC2 
135 11785308 11785860 NIC2 
136 11785860 11789778 NIC2 
137 11789778 11792506 NIC2 
138 11792506 11794567 NIC2 
139 11794567 11801832 NIC2 
140 11801832 11802161 NIC2 
141 11802161 11802507 NIC2 
142 11802507 11802508 NIC2 
143 11802508 11803263 NIC2 
144 11803263 11803364 NIC2 
145 11803364 11803373 NIC2 
146 11803373 11803568 NIC2 
147 11803568 11803980 NIC2 
148 11803980 11804107 NIC2 
149 11804107 11804369 NIC2 
150 11804369 11805042 NIC2 
151 11805042 11805711 NIC2 
152 11805711 11805863 NIC2 
153 11805863 11806743 NIC2 
154 11806743 11806942 NIC2 
155 11806942 11808615 NIC2 
156 11808615 11808839 NIC2 
157 11808839 11809970 NIC2 
158 11809970 11810603 NIC2 
159 11810603 11811912 NIC2 
160 11811912 11813086 NIC2 
161 11813086 11820680 NIC2 
162 11820680 11820771 NIC2 
163 11820771 11820818 NIC2 
164 11820818 11820984 NIC2 
165 11820984 11821011 NIC2 
166 11821011 11821360 NIC2 
167 11821360 11821380 NIC2 
168 11821380 11821597 NIC2 
169 11821597 11823045 NIC2 
170 11823045 11824456 NIC2 
171 11824456 11824484 NIC2 
172 11824484 11824622 NIC2 
173 11824622 11825060 NIC2 
174 11825060 11825674 NIC2 
175 11825674 11825769 NIC2 
176 11825769 11826152 NIC2 
177 11826152 11826183 NIC2 
178 11826183 11826192 NIC2 
179 11826192 11826220 NIC2 
180 11826220 11826222 NIC2 
181 11826222 11826229 NIC2 
182 11826229 11826236 NIC2 
183 11826236 11826259 NIC2 
184 11826259 11826262 NIC2 
185 11826262 11826275 NIC2 
186 11826275 11826284 NIC2 
187 11826284 11826311 NIC2 
188 11826311 11826354 NIC2 
189 11826354 11826363 NIC2 
190 11826363 11826366 NIC2 
191 11826366 11826450 NIC2 
192 11826450 11826495 NIC2 
193 11826495 11826522 NIC2 
194 11826522 11827132 NIC2 
195 11827132 11827151 NIC2 
196 11827151 11827178 NIC2 
197 11827178 11827257 NIC2 
198 11827257 11827281 NIC2 
199 11827281 11827309 NIC2 
200 11827309 11827341 NIC2 
201 11827341 11827418 NIC2 
202 11827418 11827450 NIC2 
203 11827450 11827751 NIC2 
204 11827751 11828070 NIC2 
205 11828070 11828970 NIC2 
206 11828970 11832662 NIC2 
207 11832662 11833369 NIC2 
208 11833369 11833706 NIC2 
209 11833706 11833787 NIC2 
210 11833787 11834531 NIC2 
211 11834531 11835129 NIC2 
212 11835129 11835167 NIC2 
213 11835167 11836265 NIC2 
214 11836265 11836393 NIC2 
215 11836393 11838190 NIC2 
216 11838190 11839047 NIC2 
217 11839047 11840050 NIC2 
218 11840050 11842764 NIC2 
219 11842764 11845235 NIC2 
220 11845235 11849208 NIC2 
221 11849208 11855696 NIC2 
222 11855696 11856301 NIC2 
223 11856301 11860647 NIC2 
224 11860647 11861397 NIC2 
225 11861397 11875177 NIC2 
226 11875177 11880848 NIC2 
227 11880848 11881762 NIC2 
228 11881762 11882261 NIC2 
229 11882261 11887769 NIC2 
230 11887769 11895586 NIC2 
231 11895586 11898469 NIC2 
232 11898469 11898719 NIC2 
233 11898719 11900746 NIC2 
234 11900746 11901060 NIC2 
235 11901060 11901664 NIC2 
236 11901664 11905614 NIC2 
237 11905614 11905670 NIC2 
238 11905670 11906209 NIC2 
239 11906209 11910442 NIC2 
240 11910442 11910450 NIC2 
241 11910450 11912061 NIC2 
242 11912061 11912249 NIC2 
243 11912249 11913903 NIC2 
244 11913903 11917884 NIC2 
245 11917884 11919309 NIC2 
246 11919309 11922775 NIC2 
247 11922775 11923192 NIC2 
248 11923192 11923408 NIC2 
249 11923408 11924092 NIC2 
250 11924092 11925352 NIC2 
251 11925352 11925626 NIC2 
252 11925626 11926682 NIC2 
253 11926682 11928066 NIC2 
254 11928066 11928440 NIC2 
255 11928440 11928450 NIC2 
256 11928450 11928495 NIC2 
257 11928495 11928500 NIC2 
258 11928500 11928528 NIC2 
259 11928528 11928883 NIC2 
260 11928883 11930073 NIC2 
261 11930073 11931553 NIC2 
262 11931553 11933250 NIC2 
263 11933250 11936043 NIC2 
264 11936043 11937320 NIC2 
265 11937320 11937813 NIC2 
266 11937813 11942138 NIC2 
267 11942138 11945949 NIC2 
268 11945949 11947373 NIC2 
269 11947373 11949849 NIC2 
270 11949849 11951251 NIC2 
271 11951251 11952909 NIC2 
272 11952909 11956032 NIC2 
273 11956032 11956098 NIC2 
274 11956098 11956192 NIC2 
275 11956192 11956361 NIC2 
276 11956361 11956809 NIC2 
277 11956809 11957113 NIC2 
278 11957113 11957238 NIC2 
279 11957238 11958013 NIC2 
280 11958013 11964579 NIC2 
281 11964579 11964696 NIC2 
282 11964696 11964715 NIC2 
283 11964715 11972147 NIC2 
284 11972147 11974077 NIC2 
285 11974077 11974946 NIC2 
286 11974946 11975462 NIC2 
287 11975462 11975463 NIC2 
288 11975463 11975981 NIC2 
289 11975981 11977701 NIC2 
290 11977701 11978314 NIC2 
291 11978314 11978494 NIC2 
292 11978494 11978866 NIC2 
293 11978866 11980251 NIC2 
294 11980251 11981137 NIC2 
295 11981137 11981470 NIC2 
296 11981470 11981767 NIC2 
297 11981767 11981769 NIC2 
298 11981769 11981786 NIC2 
299 11981786 11981867 NIC2 
300 11981867 11983276 NIC2 
301 11983276 11983333 NIC2 
302 11983333 11983494 NIC2 
303 11983494 11983699 NIC2 
304 11983699 11983876 NIC2 
305 11983876 11983926 NIC2 
306 11983926 11983968 NIC2 
307 11983968 11984130 NIC2 
308 11984130 11984180 NIC2 
309 11984180 11984185 NIC2 
310 11984185 11984277 NIC2 
311 11984277 11984457 NIC2 
312 11984457 11984855 NIC2 
313 11984855 11986267 NIC2 
314 11986267 11986269 NIC2 
315 11986269 11986535 NIC2 
316 11986535 11987332 NIC2 
317 11987332 11989515 NIC2 
318 11989515 11989615 NIC2 
319 11989615 11991259 NIC2 
320 11991259 11991905 NIC2 
321 11991905 11991922 NIC2 
322 11991922 11992083 NIC2 
323 11992083 11992132 NIC2 
324 11992132 11992133 NIC2 
325 11992133 11992665 NIC2 
326 11992665 11993396 NIC2 
327 11993396 11993616 NIC2 
328 11993616 11994093 NIC2 
329 11994093 11994280 NIC2 
330 11994280 11994287 NIC2 
331 11994287 11995665 NIC2 
332 11995665 11995678 NIC2 
333 11995678 11995684 NIC2 
334 11995684 11995716 NIC2 
335 11995716 11995775 NIC2 
336 11995775 11995802 NIC2 
337 11995802 11995982 NIC2 
338 11995982 11995997 NIC2 
339 11995997 11996008 NIC2 
340 11996008 11996011 NIC2 
341 11996011 11996014 NIC2 
342 11996014 11996018 NIC2 
343 11996018 11996028 NIC2 
344 11996028 11996035 NIC2 
345 11996035 11996142 NIC2 
346 11996142 11996284 NIC2 
347 11996284 11996418 NIC2 
348 11996418 11996452 NIC2 
349 11996452 11998022 NIC2 
350 11998022 12002709 NIC2 
351 12002709 12003081 NIC2 
352 12003081 12006843 NIC2 
353 12006843 12007383 NIC2 

Answer 1

here見ていくつかのrleトリックを借りて、あなたができる：

library(dplyr) 

df$value <- as.character(df$value) 

df %>% 
    group_by(cont_run_val = paste(value, 
           {tmp = rle(value); rep(seq_along(tmp$lengths), tmp$lengths)}, 
           sep = "_")) %>% 
    summarize(min_start = min(start), 
      max_end = max(end)) 

# cont_run_val min_start max_end 
#   (chr)  (int) (int) 
# 1  ED3048_2 11675212 11675695 
# 2  NIC2_1 11498007 11675212 
# 3  NIC2_3 11675695 12007383 

Answer 2

data.tableのrleid機能は、このようなタスクのために非常に便利です。

library(data.table) 
dt <- as.data.table(df) 
dt[, .(start = min(start), end = max(end)), by = .(value, rleid(value))][ 
    , !"rleid", with=FALSE] 
# value start  end 
#1: NIC2 11498007 11675212 
#2: ED3048 11675212 11675695 
#3: NIC2 11675695 12007383 

それともdplyrチェーンの内側にそれを使用することができます：あなたはこのようにそれを使用することができ

library(data.table); library(dplyr) 
df %>% 
    group_by(value, id=rleid(value)) %>% 
    summarise(start = min(start), end = max(end)) %>% 
    select(-id) 
#Source: local data table [3 x 3] 
#Groups: value 
# 
# value start  end 
# (chr) (int) (int) 
#1 NIC2 11498007 11675212 
#2 ED3048 11675212 11675695 
#3 NIC2 11675695 12007383