biopythonのインストールテストは失敗：ERROR：test_fetch_xml_schemas（test_Entrez_online.EntrezOnlineCase）

Question

を、私は私のMac上のbiopythonのインストールをテストしようとすると、このコマンドを使用しています：

$ sudo python3 setup.py test 

すべては、このエラーメッセージを除いて結構です。

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase) 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas 
     records = list(Entrez.parse(handle)) 
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse 
     raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream") 
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted. 

また、テスト中、これらの結果は、test_Entrez.onlineが失敗したことを示します。私はMac上でOS X EIのキャピタン10.11.6を使用してい

test_Entrez ... ok 
test_Entrez_online ... FAIL 
test_Entrez_parser ... ok 
test_Enzyme ... ok 

、私は、Python 2.7と3.5.2がインストールされているとbiopythonと関連するパッケージをインストールする際のpython3を実行しています。

何が問題なのでしょうか？

Answer 1

私はそのエラーについて気にしません。このテストでは、Entrezサーバーに接続し、そこから何かを取得しようとします。インストールに関係しない1000の原因については、NCBIからXMLをフェッチする際に失敗した可能性があります。

スクリプトからBio.Entrez.efetch()関数を使用できる場合は、すべて問題ありません。