pythonを実行中にインデックスエラーが発生しました

Question

私はPythonの初心者ですが、現在コードを実行していますが、次のエラーが発生します。解決するために最善を尽くしましたが、できませんでした。私を助けてください。コードは以下の通りです。

Traceback (most recent call last): 
    File "main.py", line 59, in <module> 
    signatures = signature.make(args.in_file, substitution_order=stratton['substitution_order'], out_path = args.spectrum_output) 
    File "/home/ateeqanees/Mutation/centos/mutation-signatures-master/signature.py", line 73, in make 
    if not ref_trinuc[1] == snp[0]: 
IndexError: string index out of range 

が私を助けてください、次のように

continue 
    num_snps_skipped += 1 
    samp_id = sline[id_index] 
    ref_allele = sline[ref_allele_index] 
    tum_allele = sline[tum_allele_index] 
    snp = ref_allele + tum_allele 
    if not snp in transitions: 
     snp = nucleotide_complement[ref_allele] + nucleotide_complement[tum_allele] 
    ref_trinuc = sline[ref_tri_index] 
    if ref_trinuc == "NA": 
     print "Warning: Reference allele not available on "+\ 
       "line %d; skipping line"%line_number 
     continue 
    if not ref_trinuc[1] == snp[0]: 
     print "Warning: Reference allele does not match reference "+\ 
       "trinucleotide; skipping line %d"%line_number** 
     continue 
    snp_with_ctx = ref_trinuc[0] + snp + ref_trinuc[2] 
    if not samp_id in signatures: 
     signatures[samp_id] = [0 for i in substitution_order] 
    if snp_with_ctx not in substitution_order: 
     print "Warning: substitution on line " + \ 
       "%d is %s, not "%(line_number,snp_with_ctx) + \ 
       "found among possible substitutions. Skipping line." 

私はエラーを取得しています。それは大きな助けになるでしょう。

ありがとうございました!!! ダブ

Answer 1

あなたのref_trinuc文字列には、1文字またはゼロ文字が含まれている可能性があります。だから、if not ref_trinuc[1] == snp[0]:は2番目の文字をつかむためにインデックスエラーを出しています。

その前に、ref_trinucを印刷して何が保持されているのかを確認してください。それはref_trinucは時々2文字未満であると、通常であれば

は、文の場合は、これを試してみてください。

if (len(ref_trinuc) > 1) and (not ref_trinuc[1] == snp[0]):

長さは、この場合には後半が試行されることはありません、1または0である場合なのでインデックスエラーはスローされません。