Emberのアプリで構築しているので、<a href="#foo">Foo</a>のようなハッシュ専用のリンクがあります。はのではありません。コンソールの要素を調べると、hrefプロパティは他のサイトのようにlocalhost/bar#fooの代わりにlocalhost#fooになります。 window.location.hreflocalhost/barが返ってくるので、ブラウザはどこにいるのか正確に分かります。Emberのハッシュ専用hrefの場所
この不一致の原因は何ですか？ 
ハッシュリンクがボックスの外側にあるクライアント側ルーティングで動作するかどうかはわかりません。
私はあなたが正しいURLを生成する必要がありますember-href-toをチェックアウトできると思います。
正しいURLを提供する必要があります
<a href={{concat (href-to "some-route") "#myhash"}}> ような何か（CONCATヘルパーがデフォルトエンバーヘルパーではありません）
を、しかし、アンカーが実際に動作すること、それは別の問題です。照会パラメーターに切り替えるほうがはるかに簡単です。
EDIT：
どうやら、同様にこのアドオンがあります：https://github.com/mike-north/ember-anchor
私は恐れて歴史のAPIだと、古典的なハッシュが一緒にうまく再生されません。 –
そこに 'base'要素がありますか？ – CBroe