PythonでWeb Gene Prediction Serverにシーケンスを送信するには？

Question

私は現在、「ab initio gene prediction」プログラムに関するいくつかのプロジェクトを行っています。 「FGENESH」や「GenScan」などの興味深いWeb遺伝子予測サーバーが見つかりました。以下 URLは： http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

私がお聞きしたいのは、私は、Webブラウザを使用していない、Pythonのスクリプトを自分のコンピュータにDNAシーケンスファイルを送信することができる方法です。また、結果を解析する方法を知りたい。

ありがとうございました。

Answer 1

問題の生の方法は、mechanize（種類はブラウザをシミュレートする）を使用することです。 XML/HTMLの結果を解析するには、おそらくBeautifulSoupを使用します。これにより、テキストと属性にアクセスできる複合オブジェクト指向形式でXML構造を取得できます。ウェブ上の両方のライブラリの使用例は数多くあります。

しかし、これらのWebサービスには通常、リクエストを処理するためのプログラマフレンドリーなAPIがあり、urllibで最も簡単にアクセスできます。私は多くのサンプルスクリプトが既にPDB（クイックグーグルはthis oneを持ってきました）と一緒にやっていると思うので、これらは良い出発点かもしれません。