私は、入力ファイルを要求し、その上でいくつかのコマンドを実行するスクリプトを作成しようとしています。私はそれがファイル名を掲載しaskesスクリプトを実行すると、私は、ファイル(例えばexample.bam)を得たとき、私はこのエラーを取得するとき:ファイルを入力し、非同期的にコマンドを実行するにはどうすればいいですか?
NameError: name 'example.bam' is not defined
私は多くのことを試してみましたが、私はそれを修正することができませんでした。誰かが間違っていることを教えてくれますか?
これは私のCOMANDです:
from subprocess import call
filename = input ("filename: ");
with open (filename, "r") as a:
for command in ("samtools tview 'a' /chicken/chick_build2.1_unmasked.fa",):
call(command, shell=True)
は、これは私のコマンドの短いバージョンです:それははるかにものを行う必要があります。私は同時に4-6個のファイルを入力することも考えています(おそらくこの情報は私の意図を明確にするのに役立ちます)。
は私が入力しようとしているファイルは、BAM形式(バイナリ形式)であることを追加する必要があり – mahmood
は、あなたが投稿エラーが与えますあなたがどこかで 'example'変数を使用していますが、まだ定義されていないという印象を与えました。その変数がどこで使われているのか分かりますか?それがあれば投稿できますか? – jro
"example"は私が入力するファイルです!このスクリプトを実行すると、ファイルを要求してからexample.bamを実行すると、NameError:name 'example.bam'が定義されていないというエラーが表示されます。 – mahmood