いくつかのファイルの2行を特定の順序で新しいファイルに印刷するにはどうすればよいですか？

Question

私はawkと仕事があります。私はいくつかの遺伝子の配列解析を行っています。 私は順序で複数のファイルを持っています。私は新しいファイルに各ファイルの最初のシーケンスを抽出し、最後のシーケンスまでのようにしたいと思います。私はawkで最初の行または特定の行をどうやって行うのかしか知りません。ここで

awk 'FNR == 2 {print; nextfile}' *.txt > newfile 

私が持っているこの

ファイル1

Saureus081.1 
ATCGGCCCTTAA 
Saureus081.2 
ATGCCTTAAGCTATA 
Saureus081.3 
ATCCTAAAGGTAAGG 

ファイル2

SaureusRF1.1 
ATCGGCCCTTAC 
SauruesRF1.2 
ATGCCTTAAGCTAGG 
SaureusRF1.3 
ATCCTAAAGGTAAGC 

ファイル3

SaureusN305.1 
ATCGGCCCTTACT 
SauruesN305.2 
ATGCCTTAAGCTAGA 
SaureusN305.3 
ATCCTAAAGGTAATG 

などの入力

同様のファイル12があります ファイル4 です。 。 。 .FILE 12

必要な出力 NEWFILE

Saureus081.1 
ATCGGCCCTTAA 
SaureusRF1.1 
ATCGGCCCTTAC 
SaureusN305.1 
ATCGGCCCTTACT 
Saureus081.2 
ATGCCTTAAGCTATA 
SaureusRF1.2 
ATGCCTTAAGCTAGG 
SauruesN305.2 
ATGCCTTAAGCTAGA 
Saureus081.3 
ATCCTAAAGGTAAGG 
SaureusRF1.3 
ATCCTAAAGGTAAGC 
SaureusN305.3 
ATCCTAAAGGTAATG 

私は、このタスクがawkで簡単に行えますが、複数行のため

Answer 1

、答えはいくつかの変更で行われなければなりません。

$ awk -F'.' 'NR%2{k=$2;v=$0;getline;a[k]=a[k]?a[k] RS v RS $0:v RS $0} END{for(i in a)print a[i]}' file1 file2 file3 
Saureus081.1 
ATCGGCCCTTAA 
SaureusRF1.1 
ATCGGCCCTTAC 
SaureusN305.1 
ATCGGCCCTTACT 
Saureus081.2 
ATGCCTTAAGCTATA 
SauruesRF1.2 
ATGCCTTAAGCTAGG 
SauruesN305.2 
ATGCCTTAAGCTAGA 
Saureus081.3 
ATCCTAAAGGTAAGG 
SaureusRF1.3 
ATCCTAAAGGTAAGC 
SaureusN305.3 
ATCCTAAAGGTAATG 

簡単な説明、

• セット'.'毎に奇数のレコードの区切り文字
• として、次のようにレコードの$0を設定するアレイa
• 呼び出しgetlineのキーとしてk=$2を区別値はキーに対応しますk
• ar最後のステップ

Answer 2

ペースト +を行うにはどのように任意のアイデアを得ていないことがことができますねawk解決策：

paste File1 File2 | awk '{ p=$2;$2="" }NR%2{ k=p; print }!(NR%2){ v=p; print $1 RS k RS v }' 

• paste File1 File2 - ファイル

• p=$2;$2=""の行に対応するマージ - File2

---

からそれぞれのキー/値である2番目のフィールドの値をキャプチャ出力：

複数のファイルのための

---

追加アプローチ：変更された質問に基づいて

paste Files[0-9]* | awk 'NR%2{ k=$1; n=NF; print k } 
     !(NR%2){ print $1; for(i=2;i<=n;i++) print k RS $i }' 

Answer 3

ための光線あなたのデータは非常に大きい場合、私は一時ファイルを作成することをお勧め：

awk 'FNR%2==1 { filename = $1 } 
       { print $0 >> filename }' file1 ... filen 

その後、あなたがそれらを一緒にcatことができます。

cat Seq1 ... Seqn > result 

をこれは持っていますすべてのファイルがすべてのファイルに含まれていない場合でも機能するという利点があります。