Rのアドニで有意な数字を変更しますか？

Rのadonis関数は、出力p値に3つのsig-figsがデフォルト設定されているようです。これは、より高いシグネチャが出力されるように変更できますか？Rのアドニで有意な数字を変更しますか？

2016-12-28 Robert Steury

あなたはp値が P <によって計算される 'adonis'関数のコードで見ることができます - （（rowSums これは、順列の数で除算されているので、小数点以下の桁数が決定されます。 -Keaton Stagaman –

なぜ3人以上の有効数字が必要ですか？ –

あなたが何を意味するのかは不明です。意義星のカットポイントが4つ以上必要だと言っていますか？または、p値の列に小数点以下の桁数を表示したいだけですか？ところで、常に再現可能な例を提供するべきです（ '？adonis'ドキュメントページにあります）。 –

私は、3桁以上の重要な数字にp値を見ることは非常に悪い考えだと思います。しかし、adonisはすでに999以外の順列の数のために、あなたにこれを与える：

# Code 
library(vegan) 
data(dune) 
data(dune.env) 
## default test by terms 
adonis(dune ~ Management*A1, data = dune.env, permutations = 1000) 

# Results 
Permutation test for adonis under reduced model 
Terms added sequentially (first to last) 
Permutation: free 
Number of permutations: 1000 

Call: 
adonis(formula = dune ~ Management * A1, data = dune.env, permutations = 1000) 

Permutation: free 
Number of permutations: 1000 

Terms added sequentially (first to last) 

       Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model  R2 Pr(>F) 
Management  3 1.4686 0.48953 3.2629 0.34161 0.001998 ** 
A1    1 0.4409 0.44089 2.9387 0.10256 0.016983 * 
Management:A1 3 0.5892 0.19639 1.3090 0.13705 0.228771 
Residuals  12 1.8004 0.15003   0.41878    
Total   19 4.2990     1.00000

出典

2016-12-28 21:00:18

ありがとうございました。私がパーマネントバの結果に変化するDNA配列の深さの影響を調べるのは悪い考えですか？ –

私はこのフィールドについてはわかりませんが、確かにあなたには正確さの誤った感覚が与えられます。 p値は、モデルが正しければデータを見る確率であり、パラメータの帰無仮説セットは正しいものである。モデルが確かに未知の定量不能な方法で間違っているので、あまりにも正確ではない間違いです....もっと正確なクエリと背景情報を持つCross-Validated（統計スタック交換）に関する新しい質問をしますか？私は偽陽性の問題に対処するためにDNA多重比較統計の全分野を開発したことを知っています。 –

数値の精度に有効数字の数字を混ぜて使用しないでください。たとえば、次の例では、3桁以上の有効数字が与えられますが、正確な説明はありません： 'adonis2（dune〜管理* A1、dune.env、permutations = 13）' –

Rのアドニで有意な数字を変更しますか？

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