Python：PyTablesにnumpy多次元配列を格納する方法は？

Question

PyTablesを使用してnumpy多次元配列をHDF5ファイルに配置するにはどうすればよいですか？

私はpytablesテーブルに配列フィールドを置くことはできません。

また、この配列に関する情報を保存し、数学的計算を行う必要があります。

提案がありますか？

Answer 1

ありシンプルな方法であるが、これは、あなたが私の知る限り、それをやっていいと思うかである可能性があります

import numpy as np 
import tables 

# Generate some data 
x = np.random.random((100,100,100)) 

# Store "x" in a chunked array... 
f = tables.openFile('test.hdf', 'w') 
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype) 
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape) 
ds[:] = x 
f.close() 

使用する圧縮を指定したい場合は、を見てtables.Filters。例えば。

import numpy as np 
import tables 

# Generate some data 
x = np.random.random((100,100,100)) 

# Store "x" in a chunked array with level 5 BLOSC compression... 
f = tables.openFile('test.hdf', 'w') 
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype) 
filters = tables.Filters(complib='blosc', complevel=5) 
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape, filters=filters) 
ds[:] = x 
f.close() 

このたくさんのための簡単な方法は、おそらくあります...私は長い間のテーブルのようなデータ以外の何のためにpytablesを使用していません。

注：（pytables 3.0）、f.createCArrayの名前がf.create_carrayに変更されました。また、あなただけのストレートNDアレイアップの多くを保存している場合、あなたは `h5py`の代わりに、` pytables`との方がいいでしょう、正直なところ​​、

f.create_carray('/', 'somename', obj=x, filters=filters)