Pythonについて1つの水分子の酸素と他の水分子の水素との距離を計算するプログラム

Question

グロマックでのmdシミュレーション後の軌道はそれぞれ0.5psです。私は28SOLとHW1の間の距離、30SOLのHW2,28SOLとHW1の間の距離、他の水分子の水素（HW1、HW2）と酸素の間の距離を計算したいと思います。 31SOLのHW2とt = 0.500用T = 0.00のためのすべての組み合わせ、のために....

Generated by trjconv : Protein t= 0.00000 
    28SOL  OW 115 0.439 0.940 1.110 
    28SOL HW1 116 0.462 1.020 1.055 
    28SOL HW2 117 0.414 0.864 1.050 
    29SOL  OW 118 1.626 1.796 1.779 
    29SOL HW1 119 1.550 1.763 1.834 
    29SOL HW2 120 1.594 1.871 1.720 
    30SOL  OW 121 1.022 0.116 0.460 
    30SOL HW1 122 0.955 0.125 0.533 
    30SOL HW2 123 1.002 0.182 0.388 
    31SOL  OW 124 1.063 0.349 1.874 
    31SOL HW1 125 1.028 0.428 1.824 
    31SOL HW2 126 1.129 0.300 1.816 
    32SOL  OW 127 1.726 0.716 1.886 
    32SOL HW1 128 1.737 0.680 1.793 
    32SOL HW2 129 1.799 0.782 1.905 
. 
. 
. 
Generated by trjconv : Protein t= 0.50000 
    28SOL  OW 115 0.494 1.029 1.115 
    28SOL HW1 116 0.529 1.116 1.080 
    28SOL HW2 117 0.465 0.971 1.039 
    29SOL  OW 118 1.566 1.834 1.772 
    29SOL HW1 119 1.556 1.767 1.846 
    29SOL HW2 120 1.476 1.864 1.742 
    30SOL  OW 121 0.913 0.070 0.385 
    30SOL HW1 122 0.876 0.086 0.477 
    30SOL HW2 123 0.880 0.142 0.323 
    31SOL  OW 124 1.089 0.344 1.872 
    31SOL HW1 125 1.028 0.403 1.820 
    31SOL HW2 126 1.154 0.300 1.809 
. 
. 
. 

どのように私は、このための距離を計算するためにPythonのコードを書くことができます...

Answer 1

これは何ですかgmx distanceは、適切なインデックスグループを選択して実行します。