ggplot2バープロットの棒の順序と色

Question

ggplot2を使って作成した積み重ね棒グラフには非常に厄介な問題があります。 以前に尋ねられた同様の質問がいくつかありますが、サンプルコードを調べた後、私が間違っていることを理解できません。

棒グラフがBiogeographic.affinity：（上から下= Bassian、Widespread、Torresian、Eyrean）に基づいてスタックされるようにグラフを作りたいと思います。バーの色は、（Bassian = drakgrey、Widespread = lightgrey、Torresian = white、Eyrean = black）でなければなりません。

これは、データセットは、次のようになります。

biogeo 
     Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species Percent 
    1  A    Bassian 1     1   121 0.8264463 
    2  A     Eyrean 4    39   121 32.2314050 
    3  A    Torresian 3    62   121 51.2396694 
    4  A    Widespread 2    19   121 15.7024793 
    5 DD    Bassian 1     1   128 0.7812500 
    6 DD     Eyrean 4    46   128 35.9375000 
    7 DD    Torresian 3    63   128 49.2187500 
    8 DD    Widespread 2    18   128 14.0625000 
    9 E_W    Bassian 1     1   136 0.7352941 
    10 E_W     Eyrean 4    54   136 39.7058824 
    11 E_W    Torresian 3    65   136 47.7941176 
    12 E_W    Widespread 2    16   136 11.7647059 
    13 KS    Bassian 1     2   145 1.3793103 
    14 KS     Eyrean 4    63   145 43.4482759 
    15 KS    Torresian 3    62   145 42.7586207 
    16 KS    Widespread 2    18   145 12.4137931 
    17 Z_Ka    Bassian 1     1   110 0.9090909 
    18 Z_Ka     Eyrean 4    64   110 58.1818182 
    19 Z_Ka    Torresian 3    31   110 28.1818182 
    20 Z_Ka    Widespread 2    14   110 12.7272727 

これは私が（問題を修正するために私の失敗の一部を含む）これまでに書いたコードです。

ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
    scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +  
    theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

これは基本的なグラフを示していますが、色と順序はまだ間違っています。順序を修正するために私が試したが、それは!:（FRUSTRATED）色は、私が試したと動作するようですが、順序はまだ間違っているようにそれがすべて見えてきた変更については

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity = factor(Biogeographic.affinity), Rank = factor(Rank, levels = 1:4)) 

を何も変更しませんでした！

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
    scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +  
    theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

お願いします。

Answer 1

ggplot2の積み重ね棒グラフの棒グラフ（下から上へ）が描かれる順序は、グループを定義する因子の順序に基づいています。そのため、Biogeographic.affinityの要素を並べ替える必要があります。一般的に私たちはreorderを使用します（継続的なレベルに従って因子を並べ替える場合）。ここでは、あなたがしようとしたのと同様の新しい順序付けされた因子を作成します。

biogeo <- transform(biogeo, 
       Biog.aff.ord = factor(
        Biogeographic.affinity , 
        levels=c('Bassian','Widespread','Torresian', 'Eyrean'), 
        ordered =TRUE)) 

今、あなたはあなたが期待する結果を得るBiog.aff.ord順と aes_group_order を定義することで、デフォルトのグループ化の順序を元の要因ではなく、Biog.aff.ordを使用してオーバーライドあなたbarplotを記入した場合：

cols <- c(Bassian="darkgrey",Widespread="lightgrey", 
      Torresian="white", Eyrean="black") 
ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, 
     order=Biog.aff.ord)) + ##!! aes_group_order 
    geom_bar(stat="identity", colour="black", 
     aes(fill=Biog.aff.ord)) + 
    scale_fill_manual(values = cols)