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最近、私はC++で新しいプロジェクトを開始しました。問題は、コンパイルしようとするとリンクエラーが発生することです。今日は、デバッグしようと一日を費やしましたが、どこでも良い解決策を見つけることはできませんでした。誰かがそれを手伝うことができたらそれはすばらしいことになるでしょう。私はMac Sierraを使用しています。x86_64 - Cmake - Mac sierra
parsing/methylation.h
#ifndef EPIRL_METHYLATION_H
#define EPIRL_METHYLATION_H
#include <stdio.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <vector>
#include <sstream>
using namespace std;
namespace methylation {
struct MethLine {
string chr;
int coord;
char strand;
int methylated;
int un_methylated;
string context;
string tag;
};
string calculateMethylationByContext(
MethLine m_input[], int length,
int window_start, int window_end, int threshold);
void calculateMethylation(
const istream &methylation_stream,
const istream &coordinate_stream,
const ostream &output_stream
);
}
#endif //EPIRL_METHYLATION_H
parsing/methylation.cpp
#include "methylation.h"
namespace methylation {
string calculateMethylationByContext(
MethLine m_input[], int length,
int window_start, int window_end, int threshold) {
// rest of the code ...
}
}
main.cpp
#include <iostream>
#include <fstream>
#include "parsing/methylation.h"
using namespace std;
int main(int argc, char **argv) {
if (argc != 4) {
cout << "Invalid number of arguments..." << endl;
return 1;
}
char *methylation_file = argv[1];
char *coordinate_file = argv[2];
char *output_file = argv[3];
ifstream methylation_file_stream(methylation_file, ios::binary);
ifstream coordinate_file_stream(coordinate_file, ios::binary);
ofstream output_file_stream(output_file, ios::binary);
methylation::calculateMethylation(methylation_file_stream,
coordinate_file_stream, output_file_stream);
methylation_file_stream.close();
coordinate_file_stream.close();
output_file_stream.close();
return 0;
}
私は自分のコーディングにCLionを使用しています。私はそれを構築しようとすると、私のcmakeのコマンドが正常に動作しますが、私は、私は次のエラーを取得する「作る」をクリックするとき：
Undefined symbols for architecture x86_64:
"methylation::calculateMethylation(std::__1::basic_istream<char, std::__1::char_traits<char> > const&, std::__1::basic_istream<char, std::__1::char_traits<char> > const&, std::__1::basic_ostream<char, std::__1::char_traits<char> > const&)", referenced from:
_main in main.cpp.o
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make[3]: *** [src] Error 1
make[2]: *** [CMakeFiles/src.dir/all] Error 2
make[1]: *** [CMakeFiles/src.dir/rule] Error 2
make: *** [src] Error 2
私CMakeLists.txtファイルには、次のようになります。
cmake_minimum_required(VERSION 3.6)
project(src)
set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -std=c++11")
set(SOURCE_FILES
parsing/methylation.cpp
parsing/methylation.h
main.cpp)
add_executable(src ${SOURCE_FILES})
私はcmakeのコマンドを実行すると、私の出力はこれです：
-- The C compiler identification is AppleClang 8.0.0.8000042
-- The CXX compiler identification is AppleClang 8.0.0.8000042
-- Check for working C compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/cc
-- Check for working C compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/cc -- works
-- Detecting C compiler ABI info
-- Detecting C compiler ABI info - done
-- Detecting C compile features
-- Detecting C compile features - done
-- Check for working CXX compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/c++
-- Check for working CXX compiler: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/c++ -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Detecting CXX compile features
-- Detecting CXX compile features - done
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /Users/sztankatt/Documents/University/PartIII/Project/epiRL/src
シンボルのすべてのソースファイルを検索します。次に、シンボルを含むソースファイルがコンパイルされ*リンクされていることを確認します。また、シンボルがスタティックでもプライベートでもないことを確認してください。 –
あなたが提供するコードの 'calculateMethylation'の**定義**が表示されません。 'parsing/methylation.h'にこの関数の*宣言*しかありません。 – Tsyvarev
'calculateMethylationByContext'に関連するものを表示していますが、エラーは' calculateMethylation'に関連しています。この関数をどこで定義しましたか？ – nos