エラー：GRangesのストランドレベルが無効

Question

私はMGIからダウンロードした遺伝子のリストでGrangesオブジェクトを作成しようとしています。

これは私がこれまでかなり新しいですエラー Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , + を取得..私はこのコードを使用する場合、ストランド情報 > mm9genes$X.3 とカラムが、しかし私に Levels: - +

を与える

`GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322), 
       ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1), 
       strand = Rle(mm9genes$X.3), 
       symbol = mm9genes$X.2)` 

ですから勉強しようとしています。助けていただければ幸いです。

Answer 1

私は問題が何かを考え出しました。

簡単なチェックが

str(mm9genes$X.3) Factor w/ 3 levels "-","- ","+ ": 1 3 3 2 2 2 3 2 2 2 ...

を与える library(GenomicRanges) strand(mm9genes$X.3) Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , +

でだから私はadvicesand here次 library(stringr) mm9genes$X.3 <- str_trim(mm9genes$X.3)

と- $ +後に空白をトリム。今、次のような仕事があります。

GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322), ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1), strand = mm9genes$X.3, symbol = mm9genes$X.2)