2017-04-08 10 views
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cooccurパッケージに問題があります。 cooccurオブジェクトを作成した後、それをプロットして、正/負共起のヒートマップを取得しようとしています。これは単純であるべきです - 例のコードは単に "plot(cooccur_object)"ですが、エラーを投げています:zero_range(from)のエラー:xは長さ1または2でなければなりません。私は再現可能なコードを含んでおり、どんな考えも歓迎しています。サンプルコードは "finches"データセットで完全に機能し、数字がランダムに生成されたときにエラーをスローするだけなので、エラーは数値そのものに依存するようです。以下の再現可能なコードはエラーをスローしますが、シードを変更すると実行されることがあります。何かご意見は?データをプロットするときにR cooccurパッケージエラーが発生する

set.seed(13532) 
a <- rnorm(100) 
a[a>0] <- 1 
a[a<0] <- 0 
a 
b <- matrix(a, ncol = 10) 
df <- as.data.frame(b) 
names(df) <- c(paste("Subject", 1:10)) 
row.names(df) <- c(paste("Disease", LETTERS[1:10])) 
df 

library(cooccur) 
cooc <- cooccur(df) 
plot(cooc) 
summary(cooc) 

答えて

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cooccurにご関心をお寄せいただきありがとうございます。私はパッケージの著者であり、あなたが持っている問題についてあなたと連絡をとっています。

ランダムな行列を作成しているので、共起分析の結果は(意外なことに)ゼロの重要な結果であることがわかります。すべてがランダムです。残念ながら、私はプロットの結果がないという警告を追加することを考えなかったし、これを私の注意を引くことに感謝します!

私に電子メールを送信しても構いませんが、私は常にフォーラムについていくわけではありません。

ベスト、 ダン・グリフィス

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知ってグッド!私はランダムマトリックスを再現性のある結果として作成しました。実際にはインターネット上に投稿したくないデータセットを実際に使用しています。応答していただきありがとうございます。 – Dubukay

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素晴らしい!その特定の分析を私に見せたいかどうか私にメールでお知らせください。 – Daniel

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