RmarkdownのCRANミラー

Question

私はRmarkdownの新機能で、後で使用するライブラリの設定に問題があります。

マイ.Rmdファイル：

# Rmarkdown for tree 
#### 
#### 

### load packages 
```{r} 
library(ctv) 
install.views('Phylogenetics') 
update.views('Phylogenetics') 
library(ape) 
library(adegenet) 
library(phangorn) 
``` 

私が得るエラーメッセージが私の下流の分析が動作するように、私は成功したパッケージをインストールするにはどうすればよい

error in available.views(repos = repos) : trying to use CRAN without setting a mirror Calls: 
<Anonymous> ... install.views -> .get_pkgs_from_ctv_or_repos -> available.views 

のですか？

ありがとうございます！

Answer 1

このソリューションは、2つの要素の組み合わせです。 最初に、パッケージがインストールされているかどうか最初に確認することなく、R Markdownのコードチャンクでパッケージをインストールしないでください。

@Frankの答えを使用して、プログラムでミラーを定義できます。

あなたのセットアップチャンクは次のようになります（レポやパッケージだけで、説明のために、それに応じて変更されます）：

```{r setup, include=FALSE, echo=FALSE} 
r <- getOption("repos") 
r["CRAN"] <- "http://cran.cnr.berkeley.edu/" 
options(repos = r) 

if(!require(gridExtra)){ 
    install.packages("gridExtra") 
} 

if(!require(autocrop)){ 
    devtools::install_github("jhollist/autocrop") 
} 

library("gridExtra") 
library("autocrop") 

```