オンザフライでデータパッケージを取得するために 'require'パッケージコードを使用するR

Question

私は、様々な生物工学注釈データパッケージを使用するRパッケージを作成しています。特定のデータパッケージはユースケースによって異なります。そのため、私はこのような何かを行う機能を持っている：

if (!require(biocpack_name, character.only=T)) { 
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
    BiocInstaller::biocLite(biocpack_name) 
    require(biocpack_name , character.only=T) 
} 

biocpack_nameは、分析される特定のデータに基づいて検索され〜30 +注釈データパッケージのいくつかのことができます。そのため、私はそれぞれを「Suggests」に追加する必要はありません（エラーはパッケージではなく、パッケージを指定する文字列であるため、動作するかどうかはわかりません）。 R CMD CHKから私にこのエラーが表示されます：

'library' or 'require' call not declared from: ‘biocpack_name’ 
'library' or 'require' call to ‘biocpack_name’ in package code. 

どうすればこの問題を回避できますか？

Answer 1

これはエラーではありませんが、警告です。 Tではなくcharacter.only = TRUEを使用すると消えてしまいます（TRUEの値がわかっていて再割り当てすることはできないが、Tは不明でFALSEを含む何でもかまいません）。しかし、さらに、requireNamespace()を使用するという警告のアドバイスに従ってください（ユーザー検索パスを汚染しないでください）。おそらくdb = get(biocpack_name, getNamespace(biocpack_name))は、あなたが望むように注釈パッケージを使用できるようにします（例：mapIds(db, ...)）。

DESCRIPTIONファイルのEnhances：フィールドにパッケージを追加すると、パッケージが何らかの形で注釈パッケージと連携していることが伝えられますが、パッケージがインストールされることはありません（ビネットの構築など）明示的に要求されない限り。