定義された関数がpython2.7のforループで使用されました

Question

私のPythonスクリプトに何か問題がありますか？

from BeautifulSoup import BeautifulSoup 
import requests 
import re 
from collections import defaultdict 
import itertools 
import pandas as pd 

def wego(weburl,annot): 
    print 'Go Term: ', weburl.split('=')[-1] 
    html=requests.get(weburl).text 
    soup=BeautifulSoup(html) 
    desc=r"desc=\".*\"" 
    print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup))[0].split('"')[1]) 
    pattern=r"Unigene.*A" 
    idDF = pd.DataFrame(columns=['GeneID']) #creates a new datafram 
    idDF['GeneID'] = pd.Series(re.findall(pattern,str(soup))).unique() 
    print "Total Go term is :",idDF.shape[0] 
    old=pd.read_csv(annot,usecols=[0,7,8]) 
    getset=pd.merge(left=idDF,right=old,left_on=idDF.columns[0],\ 
    right_on=old.columns[0]) 
    updown=getset.groupby(getset.columns[1]).count() 
    print updown 
    print "Max P-value: ","{:.3e}".format(getset['P-value'].max()) 

with open("gourl.txt") as ur: 
    d=[] 
    for url in ur: 
    we=wego(url,annot="file.csv") 
    d.append(we) 

私gourl.txtファイルには、私の質問は、スクリプトが成功することができている理由1

http://stackoverflow.com/questions=1 
http://stackoverflow.com/questions=2 

によっていくつかのURL 1行であるときgourl.txtファイル内の唯一の1つのURLとするとき失敗しました複数の？

エラーは、次のとおりです。

IndexError: list index out of range 
IndexErrorTraceback (most recent call last) 
<ipython-input-79-a852fe95d69c> in <module>() 
    2  d=[] 
    3  for url in ur: 
----> 4   we=wego(url,annot="file.csv") 
    5   d.append(we) 
<ipython-input-4-9fdf25e75434> in wego(weburl, annot) 
    5  soup=BeautifulSoup(html) 
    6  desc=r"desc=\".*\"" 
----> 7  print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup)) 
[0].split('"')[1]) 
    8  pattern=r"Unigene.*A" 
    9  idDF = pd.DataFrame(columns=['GeneID']) #creates a new dataframe 
IndexError: list index out of range 

Answer 1

あなたは私たちを与えたスタックトレースを見ると、あなたが答えを見ることができます。最後の行は、あなたが2リストは、この行にアクセスします

print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup))[0].split('"')[1]) 

で（「範囲外の」）が存在しないリストの要素にアクセスしようとしていることを述べています。 1つは最初に一致したパターンを取得し、もう1つはsplit('"')によって生成される第2の用語を取得します。

おそらく2番目のURLには、このパターンがありません。

あなたはこのようなものを使用することができます：質問は解決策を持っていることを

matches = re.findall(desc, str(soup)) 
tokens = [] 
if matches: 
    tokens = matches[0].split('"') 
if len(tokens) > 1: 
    print("GO leave 2 term:", tokens[1]) 

Answer 2

とても幸せを。 問題は\ gourl.txtファイルです。間違いなく、改行によって引き起こされる空行は、無効なURLではなく、このスクリプトを中断しました。 ファイルを読み込むときに\ nを削除するだけで修正できます：url=url.strip('\n')