プロットR

Question

のドットプロットとして4列のデータは、私はこれを描い

次のようにそれをプロットしたい

   H520KOR1 H520KOR2 H5202GyPHR1 H5202GyPHR2 
ILMN_1702609 5.916239 6.068699 4.910235 4.983025 
ILMN_1762631 5.490704 5.454779 4.573977 4.628981 
ILMN_2193175 5.730220 5.726268 6.222486 6.273563 
ILMN_3310451 4.955594 5.007212 4.423170 4.333526 

を以下のようにRでマトリックスを有しますパワーポイントの絵。私はいくつかの方法を試しましたが、何か不足しています。どんな助けでも大歓迎です。また、等data.frame与えられ、一列に2つの複製のデータをプロットすることも可能である第1の行列から10行及びdput()

> dput(dat) 
structure(c(5.91623892229345, 5.49070424526676, 5.73021963287428, 
4.9555939015656, 7.34200299329158, 4.49057379554289, 5.17555122512255, 
5.6535332613054, 4.96143970172796, 4.4791600551366, 6.06869857120224, 
5.45477925441301, 5.72626774546258, 5.00721151456707, 7.33658261931523, 
4.36058760303988, 5.13085555870237, 5.77523892720755, 4.96844107374241, 
4.41926414134707, 4.91023457951491, 4.57397741940793, 6.22248596066649, 
4.42317017555403, 7.95776070495557, 5.13499805485839, 4.39694778946656, 
4.80648887200906, 4.44717629932841, 5.25723605338541, 4.98302491117088, 
4.62898140897605, 6.27356272326665, 4.33352596469113, 7.9391551372836, 
5.13491596111887, 4.48130179704286, 4.90950199548828, 4.43674075246716, 
5.13877204607323), .Dim = c(10L, 4L), .Dimnames = list(c("ILMN_1702609", 
"ILMN_1762631", "ILMN_2193175", "ILMN_3310451", "ILMN_1808219", 
"ILMN_1703280", "ILMN_1705466", "ILMN_2135232", "ILMN_1839994", 
"ILMN_3234823"), c("H520KOR1", "H520KOR2", "H5202GyPHR1", "H5202GyPHR2" 
))) 

かかっ

EDIT

続く

H520KOR1 control 
H520KOR2 control 
H5202GyPHR1 treated 
H5202GyPHR2 treated 

これはプロットを次のように変更します（個々のプロットをeすべての行の情報を1つのプロットに含めると、解釈がさらに容易になります）。私はggplot2で可能性を学んでいます。これは大きな道に役立ちます。ありがとうございました。 ggplot2については

Answer 1

library(tidyverse) 

read.table(text="expression H520KOR1 H520KOR2 H5202GyPHR1 H5202GyPHR2 
ILMN_1702609 5.916239 6.068699 4.910235 4.983025 
ILMN_1762631 5.490704 5.454779 4.573977 4.628981 
ILMN_2193175 5.730220 5.726268 6.222486 6.273563 
ILMN_3310451 4.955594 5.007212 4.423170 4.333526", 
      stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) -> df 

、これは "長い" データフレームとしてより良い仕事します：

df <- gather(df, category, value, -expression) 

あなたは、彼らの60で、しかし（1にそれらのすべてをプロットすることができます色は実際には機能しません）：

ggplot(df, aes(x=category, y=value, color=expression)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_color_discrete(name=NULL) + 
    theme(legend.position="top") 

あなたはそれらを払拭することができます実際に）それらの60を持っている：

ggplot(df, aes(x=category, y=value, color=expression)) + 
    geom_point(size=3) + 
    facet_wrap(~expression) + 
    theme(legend.position="none") 

私たちは、あなたが持っているものスタイリングやラベリング要件見当がつかないので、これは、1つの限定された情報でできる最善です。

真に行列とデータフレームがある場合は、最初に変換し、行の名前で列に変換する必要があります。あなたのデータのdput()は、私たちがそれを行う方法を説明するのに役立ちます（必要な場合）。